穆里尼奥见关宁军这边士气低迷无心作战，他立刻通知鲁王孔有德和其他鲁军主力这个好消息，孔有德得知穆里尼奥捷报后非常高兴，谁都知道现在关宁军就是明军方面唯一的主力，其他的军队虽然号称野战主力，但是真打起来完全打不过吸收了大量新式武器和欧洲佣兵的鲁军。于是孔有德立刻命令在渤海沿岸的总兵陈光福和吞并鲁南的耿仲明配合自己全线去反击，此时明军各部还没来得及得知关宁军战败的消息，结果面对卷土而来的鲁军他们来逃跑的时间都没有，明军将领只能集结东拼西凑的军队对抗鲁军。在这种情况下明军的状态可想而知，耿仲明率领鲁军在沂水和费县两度击败提督陈洪范和义勇副总兵刘泽清，陈洪范和刘泽清见情况不妙直接抛弃兖州府，他带着麾下军队打着防止叛军南侵的旗号逃到了徐州，至此鲁南基本上没有成建制的明军了，耿仲明见状立刻趁机率领鲁军进攻兖州府，很快耿仲明就带着鲁军杀到曲阜，已经基本上毫无可战之兵的兖州知府不得不开城投降，至此山东南部基本上全部被鲁军占领。
与此同时孔有德先是集结了陈光福所部兵力，然后他就在济南府北部展开全面反击，很快鲁军就拿下海丰，阳信，德平，平原等地，此前被鲁军驱赶到这里的蓟镇总兵邓玘，密云参将牟文绶，天津总兵王洪，保定总兵刘国柱和参将彭友谟等部明军仓促应战，结果他们毫无悬念的被鲁军打得惨败，这次他们甚至在山东都待不下去了，他们只能带着残兵败将窜入直隶北部，至此鲁军基本上彻底占领了济南府，在这种情况下山东仅剩下吴襄所部关宁军所在的东昌府还在朝廷的控制下。不过很快鲁军总兵穆里尼奥，王子登和李应元会师后就集结鲁军主力杀向了东昌府，这次出击鲁军吸取了李九成之前轻敌冒进的教训，鲁军这次对关宁军可以说高度的重视，他们集结了几乎全部的力量对抗关宁军。除此之外战前穆里尼奥派人散播谣言说朝廷要去清洗关宁军，并且孔有德还要掐断漕运让他们断粮，这下好几次遭遇断粮危机的关宁军士气几乎崩溃，而且将领也都担心损失实力会被清洗，毕竟伤人的可是真相，孔有德确实打算切断运河，而且崇祯确实不信任关宁军，面对这种情况吴襄和高起潜只能表示孤军奋战无法进展，然后他们直接带兵撤入直隶，鲁军几乎兵不血刃的拿下了东昌府，至此孔有德彻底占领了整个山东。
就在孔有德拿下整个山东的时候又有好消息传来了，辽南明军将领尚可喜率领东江水师和数千主力军前来投奔孔有德，原来在黄龙死后年轻的孔有德压制不住那些东江老油条，加上坐镇皮岛的沈世魁为了成为东江总兵为不断的给尚可喜挖墙脚下绊子，导致尚可喜统御的军队越来越少，而很快朝廷下旨斥责尚可喜增援旅顺不利，这让尚可喜彻底的心灰意冷，他意识到自己在明朝彻底待不下去了，而满清跟他有着深仇大恨，既然如此同是东江军出身的鲁军是他唯一的选择。于是他直接带着旗下的舰队和军队投奔了孔有德。孔有德得知尚可喜前来投奔后非常开心，一方面他很清楚尚可喜是能征惯战的猛将，而且尚可喜带来的东江精锐和主力舰队让他在渤海的势力大幅度提高，有了尚可喜的舰队孔有德就能够在渤海对明军形成优势，这就意味着明军完全无法登陆山东，于是孔有德立刻任命尚可喜为总兵，并且还让他依旧统帅麾下的军队，除此之外还可以让他在山东安置家属，最后孔有德让尚可喜继续去招揽东江军前来投奔，他招的人可以直接编入他的旗下，孔有德让尚可喜在扩编至上万兵力后前来跟自己会和。
至此孔有德叛军彻底占领整个山东，孔有德直接拿出了罗马教廷的诏书，他表示自己可是被教廷直接册封的鲁国国王，那可绝对不是什么叛军，统治山东完全可以说是名正言顺。虽然实际上有多少山东人能认这个册封就不知道了，不过毕竟孔有德现在兵强马壮势头正盛，他说自己合法那其他人也不能说什么。现在孔有德对外号称拥有十万强大的野战军，这其中还包括上万骑兵和上万欧洲佣兵，虽然实际上肯定还不到这个数字，但是相差的其实也不多。在此之后孔有德直接派出个不怕死的使者前往京师传信，在信中孔有德表示自己愿意率领部众归属朝廷，并且继续尊崇大明为主，而作为交换他只要朝廷册封他为正式的鲁王并且让他世代统治山东。结果崇祯皇帝见状顿时勃然大怒，崇祯皇帝那也不是什么傻子，他知道孔有德表面上是服软，但是只要他答应了孔有德的求和，那么孔有德就可以名正言顺的统治山东，而大明基本上就没有夺回山东的可能了，此外作为皇帝他还担心如果让孔有德这种叛军得偿所愿，那么肯定会让各地起兵的义军认为造反真的有甜头，以及让全天下发现这个朝廷原来这么逊，崇祯已经不敢想这样的局势有多糟糕了。
因此崇祯毫不犹豫的拒绝的孔有德的求和，他下令要跟孔有德作战到底，直到把叛军彻底消灭，他表示自己绝对不会跟叛军妥协，做出这种让祖宗蒙羞的耻辱的。于是崇祯下诏命令撤退到北直隶的蓟镇总兵邓玘，密云参将牟文绶，天津总兵王洪，保定总兵刘国柱和参将彭友谟等明军各部立刻就地重新集结，他让这些明军部队厉兵秣马准备反攻山东。并且崇祯还命令吴襄率领关宁军北上会和屯驻在北直隶的明军各部会和然后一起反攻山东，为此崇祯还调集了京畿周围的明军前去增援，按照崇祯的规划这就是北线的明军部队，崇祯还下诏给流窜到徐州府的提督陈洪范和义勇副总兵刘泽清等人，崇祯皇帝让他们在徐州集结淮泗精锐北上，配合北线的明军主力对孔有德两路夹击，为了能够鼓舞士气崇祯直接提拔刘泽清当总兵。
然而事实证明这些布置全都是崇祯的一厢情愿，事实上崇祯目前手里是既没有精兵也没有粮食，大明账面上的主力除了吴襄外，要么跟着祖大寿龟缩在锦州，要么跟着洪承畴在西北四处征讨义军，祖大寿基本上无论如何都不会离开锦州，至于洪承畴赶过来那黄花菜都凉了，而除了这些军队外其他的那些都没粮食吃的明军全都不能指望，这些面对孔有德屡战屡败却又屡败屡战而且每次都能重新集结部队的邓玘，牟文绶，王洪，刘国柱，彭友谟就是目前还能打的明军，然而这些军队连战连败已经士气衰竭了，而且他们的精锐家丁也已经折损严重，他们重新集结的军队虽然还算有经验，但是想要挡住武器精良的鲁军完全不够看。
除此之外吴襄所部的关宁军在纸面上损失不大，但是由于此前遭到朝廷打压，现在关宁军上下根本就不信任崇祯，他们担心几次被鲁军击退会导致被朝廷针对，在这种情况下关宁军诸将想的都是要保存实力拥兵自重，迫使崇祯不得不投鼠忌器，可以说他们已经无心继续作战。至于陈洪范和刘泽清更是明白自己到底是几斤几两，他们集结的山东本地兵根本就打不了硬仗，至于崇祯说的淮泗精锐更是无中生有，所以他们一方面积极写信跟崇祯加油打气，一方面又天天找借口磨洋工。而孔有德在得知崇祯拒绝跟他们谈判后决定要继续进攻，毕竟现在他们有着绝对的优势，直隶地势平坦无险可守，孔有德认为就是要趁机继续进攻，如果自己犹豫让崇祯调集军队，那么自己就会丧失目前的优势。