这些起兵的东江将领都很确定现在朝廷手中最强大的力量就是关宁军了，现在既然关宁军都被他们击败，那么朝廷已经无法继续阻挡鲁军了，因此鲁王孔有德接收了鲁军诸将的意思，他打算直接投入全部的主力军，集中力量对被击退的明军进行追击，争取击溃山东境内的全部明军主力。“目前朝廷已经把他们在京畿和河北的主力军全部投入在此，只要我等把他们全部击溃，那么朝廷将无法威胁我军，目前正是天赐良机，不可错过！”，孔有德信心满满的说道，为此他决定要让鲁军在全线发动进攻，他命令总兵陈光福去攻打逃到黄河口的彭友谟，总兵耿仲明则前去攻打窜入兖州府的陈洪范和刘泽清，他亲自率军攻打流落在滨州和齐东等地的邓玘，王洪，刘国柱和牟文绶等部明军。
与此同时被前线战况鼓舞的都元帅李九成亲自率领上万鲁军抵达了前线，身为鲁国的二号人物，（甚至一度是理论上的叛军头领）孔有德让他节制在中部的总兵穆里尼奥和总兵李应元等部，负责攻打退守济南的关宁军，此战孔有德给了李九成很大的权限，毕竟他是东江旧部里的老大哥，威望仅次于他这个鲁王。李九成率领大军抵达昌邑后让李应元率部留守昌邑，毕竟李应元是他的儿子，他可不想让李应元到前线去冒险，所以给了他留守后方的闲职，同时他让穆里尼奥负责维护补给线，他这个安排固然有嫉妒穆里尼奥战功的存在，但是说到底他是想要独自率领大军击败关宁军，毕竟他在东江军里的军事能力不太被信服，他能当上都元帅主要是因为他的资历和煽动兵变，而如果他击败关宁军那就可以名扬天下，到时候都元帅的位置也能够彻底稳住了。
很快李九成就率领大军西进，很快他们就拿下了整个青州府，虽然此时青州府的明军基本上人去楼空，但是不管怎么说鲁军再次拿下重镇，这让鲁军上下的士气非常高涨，鲁军将士请求李九成乘胜追击，李九成则判断关宁军退守济南说明他们士气低落，这确实是他击溃关宁军的最佳时机，于是他就率领鲁军直接杀向济南府。穆里尼奥见状赶紧劝告李九成，他表示关宁军此前损失不大，其实力依然十分的雄厚，所以李九成绝对不应该轻敌，应该采取谨慎的行动，然而李九成认为关宁军长途奔袭且遭遇断粮，现在已经是不足为据，他认为关宁军首战不利已经耗光了士气，所以他依然信心十足的率领鲁军杀向济南府，李九成倒不是猜忌穆里尼奥这葡萄牙人，而是因为自从起兵以来风头全都让孔有德出了，这让他迫切的想要立下大功去证明自己。
就在孔有德在山东东征西讨的时候，驻守辽南的后金镶黄旗将领富查富林阿提出突袭旅顺的建议，后金天聪汗皇太极见状立刻召集文武展开商议。“在下认为富查将军此计甚好，现在孔有德在山东作乱，还击溃了彭友谟部水师，听闻还坐拥西洋巨舰，这让东江总兵黄龙把大量主力部队和战舰投入到辽南诸岛，除此之外他还要防备沈世魁，现在旅顺反而非常空虚。”，宁完我见状立刻站出来支持富查。“这富查不是八旗军中最谨慎的吗？怎么会提出如此疯狂的计划？”，皇太极提出问题。“启禀陛下，我认为既然如此，这说明富查将军已经是胸有成竹，他已经有十成把握拿下旅顺。”，范文程见状说道，“这是天赐良机，我们绝对不能错过。”
于是皇太极就命令富查出兵打旅顺，但是同时皇太极也告诉富查，后金的补给无法支撑他打长期战争，毕竟后金在大凌河战役后受降的上万明军导致后勤压力骤然上升，不过富查对此却表示没有什么异议，他此前坐镇辽南已经很长时间了，在这段时间内他持续不断的向东江镇派间谍细作并且拉拢当地军队。在这种情况下富查不但明白旅顺守卫空虚的情况，还把不少当地缺粮挨冻的明军拉拢到自己这边，所以很快富查就集结了五千后金军秘密进军旅顺，明军对此是毫无防备，而很快富查还联络投靠自己的明军让他们打开了外围关卡，富查趁机率领后金军火速发动进攻，然而东江总兵黄龙对此几乎防备，现在他想要集结兵力防守但是为时已晚，更不要说已经有很多明军投靠后金。
结果很快富查就带领后金军进旅顺，此时黄龙由于之前的兵变身负重伤，这导致他根本无法逃跑到海上，在发现战局已经无法挽回后，他选择让家丁在总兵府里面放火自焚，最终随着总兵黄龙葬身火海，其他的明军各部纷纷选择投降，至此富查的后金军彻底占领了旅顺，港口内的明军军舰几乎全部被清军俘虏。至此富查一战就拿下了困扰后金多年的旅顺，传到盛京后让皇太极非常开心，而富查攻占旅顺也导致了更多连锁反应，此前黄龙让参将尚可喜带领舰队驻长山，结果尚可喜被神出鬼没的天主教海盗船给缠住导致进退失据，而现在黄龙战死后东江军立刻就分裂，驻扎皮岛的沈世魁趁机开始兴风作浪，尚可喜年纪轻轻本来就是依靠黄龙军令才能统帅水师，结果现在面对老油条沈世魁的渗透毫无办法，就这样尚可喜不但无法威胁继续孔有德，反而已经自身难保。
与此同时都元帅李九成率领鲁军主力浩浩荡荡的杀到了济南城下，吴襄和高起潜见状就带着关宁军出城应战，双方在济南城外展开了激战，这次吴襄命令千总陆澄率部顶在前面，此时陆澄虽然还是没得到多少火炮，但是最起码吴襄给他提供了足够的火绳枪，并且还允许陆澄把兵力扩充到上千。李九成率领鲁军跟关宁军交战之后，就立刻命令对关宁军阵地狂轰滥炸，在吸收了大量欧洲装备和佣兵后鲁军在火力上已经有了很大的优势，所以李九成此战就是想要用火器开路扬长避短，对此关宁军已经在阵地上用战车和围墙组建了简易防线，然而这些防线很快被鲁军炸的七零八落，而很快李九成就下达了进攻的命令，鲁军对关宁军的阵地展开全线进攻。
陆澄见状赶紧重新集结士兵用火绳枪进行射击，他麾下的部队大多是久经沙场的辽兵，所以他们很快就恢复了阵型投入战斗，对面的鲁军士兵也用火绳枪展开反击，但是陆澄所部占据高地还依托工事，所以跟人多势众的鲁军打得难解难分，鲁军见远射没多少用就展开了冲锋。陆澄见状赶紧拔出指挥刀带领士兵用马刀和长矛展开肉搏战，此时两翼的关宁骑兵也展开了冲锋，结果也算是沙场宿将的李九成对此早有准备，他立刻投入在两翼部署的鲁军骑兵，结果他们成功的挡住了关宁骑兵，就这样双方展开了混战，但是占上风的很明显是优势更大的鲁军，信心十足的李九成见状非常的高兴，他认为现在自己基本上已经赢定了。
结果就在此时突然两路关宁骑兵从侧翼杀来，原来之前吴襄在侧翼出动的关宁骑兵不过是诱饵，他们就是用来吸引鲁军骑兵，而现在祖大乐和祖大弼统帅的两千骑兵才是主力，李九成见状顿时发现自己情况不妙，很快关宁骑兵就冲垮了鲁军的侧翼部队，李九成见状赶紧命令正面的鲁军主力回撤。结果此时正面的陆澄和祖宽等部趁机发动反击，这导致鲁军陷入首尾难顾的情况，而祖大乐和祖大弼趁机率领关宁骑兵冲杀，这导致很快鲁军全面崩溃，就是冲着钱来的欧洲佣兵见状纷纷就开始逃跑，他们基本上都没有打逆风战的想法，而很快鲁军各部也纷纷陷入崩溃状态，而吴襄和高起潜见状立刻命令关宁军展开全线追击，最终李九成死于乱军之中。