天津总兵王洪和保定总兵刘国柱带着家丁狼狈逃回了昌邑，之前的战斗他们损失大量山东明军，虽然他们认为这些山东本地的明军久不经战，大部分还都是填不饱肚子的卫所兵，其战斗力跟他们旗下那些打过清军的家丁比可以忽略不计，但是如此巨大的损失造成军心动摇，他们只能闭门死守并逼迫民众守城，他们知道如果昌邑陷落，且不说叛军可以长驱直入山东腹地，他们俩到时候也绝对没有好果汁吃。结果就在此时孔有德突然率领叛军撤军了，王洪和刘国柱发现叛军真的撤退后都松了口气，原来此时叛军后院失火，此前驻防辽东的明军参将彭友谟率领川军水师南下突然袭击了莱州城，毛承禄准备不足结果直接战死于莱州，彭友谟趁机率领麾下的四川士兵占领了莱州，这个情况顿时震动了叛军，要知道毛承禄毕竟是东江军创始人毛文龙的儿子，他的战死会让东江叛军的士气有波动，孔有德担心莱州丢失导致自己的补给线被切断，于是他主动率领叛军撤出昌邑。
与此同时已经集结军队的耿仲明正在率领叛军去围攻莱州，但是莱州城池坚固彭友谟指挥得当，这导致耿仲明也无法取得进展，在跟孔有德的主力会师后叛军再次发动进攻，但是彭友谟动员了当地居民帮助守城，结果孔有德还是没有攻下莱州，穆里尼奥出动红衣大炮轰炸都没有取得大进展。在这种情况下穆里尼奥决定从海上进行突破，此前有大量欧洲冒险者到山东帮助孔有德，其中甚至有探险家带着船只加入，目前为止孔有德旗下总共有七艘盖伦战船（其中还有两艘是协助作战的海盗船），穆里尼奥建议孔有德用这些大战舰偷袭莱州港口，无计可施的孔有德批准了他的行动，于是穆里尼奥带着七艘盖伦战船和麾下作为登陆部队的三千士兵在夜晚展开了行动。
叛军舰队趁着夜色突袭了莱州港口，此时彭友谟已经把大量水兵调到城市参与防守，这导致港口防备很空虚，除此之外明军没有料到水上的突袭，结果叛军的突袭大获成功，盖伦战船轻松的突入港口然后把大明水师的战船付之一炬，而穆里尼奥率领三千由山东士兵和欧洲佣兵组成的队伍立刻上岸发动进攻。此时彭友谟的川兵部队也发现敌情，然而在夜晚的城市里他们无法迅速集结，结果很快叛军就杀入城中展开巷战，穆里尼奥见状亲自带着欧洲佣兵和收编的东江叛军拿下多个城门，然后立刻把城外的耿仲明放了进来，就这样很快莱州的各个城门纷纷失守，孔有德，耿仲明和陈有时各部叛军展开全线进攻，很快彭友谟的明军就被打得溃不成军，彭友谟见状只好命令军队撤出莱州。
莱州一战彭友谟所部惨败，他只带着不到三百名川兵逃出了莱州，他带着残兵败将逃到了寿光，在寿光他开始集结其他各路残兵以及民兵，而孔有德在攻占莱州后任命当时跟随耿仲明打开登州城门的东江军老将陈光福为总兵，接替毛承禄的位置，并且让他统帅莱州本地军队和本部登莱叛军，以及部分毛承禄的残部继续镇守莱州，并且孔有德还让陈光富去对抗屯驻寿光的彭友谟。而就在孔有德率领叛军主力反攻莱州的时候，朝廷趁机在昌邑集结重兵，崇祯皇帝任命兵部侍郎刘宇烈为山东督理，并且调集蓟镇总兵邓玘，密云参将牟文所部接受他的指挥，这些军队大多曾经在皇太极入关的时候跟清军交手过，这是目前京师周围能拿得出手的主力军，刘宇烈很快率领这些军队抵达昌邑和驻守当地的天津总兵王洪和保定总兵刘国柱会师，义勇副总兵刘泽清也集结山东明军前来会和，就这样刘宇烈在昌邑集结了两万五千明军主力。
在这种情况下明军在兵力上占据了绝对的优势，于是刘宇烈决定主动出击夺回莱州，他命令彭友谟所部东进牵制陈光福，刘泽清集结本地明军在东部去包抄，然后直接让邓玘，王洪，刘国柱，牟文绶率领两万明军直接平推到莱州，这里面彭友谟的主力此前在莱州损失惨重，而刘泽清集结的基本上都是刚招募的民兵，很明显真正能打的就是中路的两万明军。孔有德见状立刻命令穆里尼奥率领所部五千军队去应战明军主力，穆里尼奥所部的军队都是按照欧洲方阵的战术进行训练的，穆里尼奥治军严格但是赏罚分明，所以虽然是葡萄牙人，但是深受山东士兵尊敬，之前孔有德在穆里尼奥的建议下实行门户开放的政策，结果大量欧洲探险家和军火商人到山东，毕竟欧洲人早就听闻大明富庶，但是苦于难以进入大明，这下有机会他们自然不能放过，这就给孔有德的叛军补充了大量的武器和佣兵，不过这些东江军出身的辽人将领大多擅长骑兵作战，因此善于指挥步兵的穆里尼奥就被孔有德委以重任，让他率军在正面硬刚明军主力。
于是穆里尼奥就率领麾下五千军队应战两万明军，他率领军队直接列阵，长矛兵顶在前面，火绳枪兵在后面，再后面是炮兵，在侧翼也部署了军队预防明军突袭，并且还有龙骑兵和欧洲佣兵在最后作为预备队，除此之外他们还在正面搭建了工事，而明军见自己这边人数占优就主动发动进攻，明军先用大量的火炮轰击叛军阵地，然后集结主力步兵猛攻叛军的方阵。然而明军的轻型火炮被叛军的红衣大炮压制，而明军主力也无法冲垮叛军的方阵，而明军自己反而被火绳枪打得伤亡惨重，接着明军还意图集结骑兵突袭叛军侧翼，结果被部署在侧翼的叛军步兵挡住，就这样两万明军和五千叛军打了一天竟还是难解难分，邓玘，王洪，刘国柱和牟文绶见状只好鸣金收兵，并且赶紧向上面报告说自己遭遇了叛军全部的主力。
就在穆里尼奥以本部五千军队大战两万明军主力的时候，孔有德率领上千叛军骑兵迂回到了昌邑城外，孔有德统帅的骑兵是由登莱叛军和东江叛军中的辽人骑兵组成，由于常年跟清军作战他们的战斗力非常的强悍，除此之外还有上百号欧洲雇佣骑兵，他们同样是久经沙场的老兵，孔有德带着他们突袭了明军补给线。在焚毁了大量明军粮食后孔有德开始放出谣言说前线明军主力已经崩溃，然后带着上千骑兵直扑昌邑，坐镇昌邑的山东督理刘宇烈见状吓得是面如土色，毕竟刘宇烈就是个对军事毫不了解的文官，他被崇祯皇帝任命去指挥平叛主要还是因为他的山东籍贯，结果对谣言信以为真的刘宇烈直接选择逃跑，而得到消息的孔有德见状突然调转方向突袭明军主力，并且他还放出谣言说刘宇烈已经被他击杀，明军的退路已经被他孔有德掐断。
结果在这种情况下实际上作战经验不多的明军士气瞬间崩溃，而穆里尼奥趁机带着麾下步兵展开大举反扑，陈有时也率领东江叛军发动了进攻，在他们的配合下孔有德率领骑兵一战就直接打崩了两万明军，三路叛军对明军展开声势浩大的围攻，最终这两万明军主力几乎全军覆没。蓟镇总兵邓玘，密云参将牟文绶，天津总兵王洪，保定总兵刘国柱带着各自的家丁四散逃跑，在北线策应的参将彭友谟见状也赶紧逃跑，毕竟他目前旗下主要都是刚刚招募的乡勇，而东线的义勇副总兵刘泽清率领山东明军还在挺进，于是他遭遇了孔有德和陈有时的叛军，结果这些新兵自然是毫无悬念的被杀的惨败，刘泽清本人都差点被叛军击杀，至此明军在山东东部策动的攻势被全面瓦解，朝廷东拼西凑的两万多明军主力几乎全被孔有德打光。
在这种情况下叛军上下可以说是士气大振，他们开始感觉自己有能力跟朝廷抗衡，孔有德决定要乘胜追击去扩大地盘，他首先率领叛军攻打昌邑，在穆里尼奥的火炮部队的支援下，叛军很快就拿下了军队几乎跑光了的昌邑，至此莱州府全境基本上都被叛军攻陷，而接下来叛军开始在山东中部活动，他们开始肆无忌惮的袭扰青州府和济南府。除此之外孔有德还得到了好消息，罗马教廷同意了孔有德的请求，他们对在远东传播天主教非常有兴趣，并且册封他为他提出的鲁国国王，大量的欧洲佣兵和教士纷纷进入山东，在这种情况下自称是孔子后裔的孔有德光明正大的打出了鲁王的旗号，当然他也没有彻底和朝廷撕破脸皮，他表示只要朝廷承认他的鲁王称号，并且同意他割据山东，那么他就可以继续对朝廷表示臣服。