且说永历帝闻清军攻入广州，就不顾一切地亡命。1647年，清将李成栋攻陷肇庆，深入广西腹地追赶永历君臣。陈邦彦化名到高明招募义军、并冒险到甘竹滩说服两千多绿林豪强归顺。期间，邦彦来到新会崖门，凭“宋末三忠“殉国之地，慷慨赋诗《崖门吊古》：往事苍茫不可寻，东风吹雨昼阴阴。精云拟共湘波怨，遗恨长留越客吟。赖是圣明回汉甸，只今邦计仗南琛。春陵佳气中兴日，借取当年义士心。诗作中忧愤国事而表明了自己的气节并对斗争胜利充满信心。之后，邦彦派门生马应房与之合兵收复顺德。接着他又相继串连东莞张家玉，南海陈子壮，顺德胡靖、梁斌，新兴梁信灼，新会黄公辅、何世熊，恩平王兴，阳江莫廷兰，东安（今云浮）何仕璋举义，合力牵制清军。李成栋被迫放弃追击永历帝，回师东下。邦彦得报，派马应房等率水军到顺德黄连乡北拦江截击，奈何寡不敌众，败于敌手。邦彦又趁李成栋进攻张家玉部之机，会同高明麦而炫、欧怀昊一举攻下江门。视邦彦为心腹大患的巡抚佟养甲，用卑劣手段动持邦彦妾何氏和幼子和尹、虞尹来要挟邦彦归降。邦彦在招降书上凛然批复：“妾辱之，子杀之，身为忠臣义不顾妻子！“结果，何氏与两幼子惨被杀害。

以后，邦彦与陈子壮合兵攻打广州。不料陈子壮提前两天行动，加上举措失当，造成失利。后陈子壮正要退兵，邦彦赶到，告之李成栋打败张家玉，现正回兵救城，我已布下伏兵，请到时合力夹击。可惜陈子壮再度失误，没有传令部下准备。到敌浮江而来，邦彦挥兵纵火烧毁敌船数十艘。李成栋仓皇败退，邦彦顺流猛追，迫近子壮军营。子壮部下误以为敌，阵脚大乱，反被敌军击溃。邦彦孤掌难鸣，无奈也只好退却。一场大胜仗就此毁于一旦。

邦彦起兵以来，军务在身，日仅一餐，夜则坐而假寝，与部下同患难，共劳苦，部队战斗力在诸义军中最强，还曾分兵救诸营之失败者。但奋战至此，已是精锐丧尽，外无援军，只有竭力苦撑。

撤离广州后，邦彦转攻三水，继而攻新会，香山，连战皆捷。后来，南明卫指挥佥事白常灿攻克清远，李成栋率军反扑，常灿邀邦彦合兵拒守。清军猛攻十日，仍未能得手。最后，他们偷偷挖地道到城下，用火药爆开城墙，蜂拥而入。惨烈的巷战中，邦彦次子馨尹死难，他本人亦肩中三刀，鲜血淋漓。悲愤之余，邦彦题诗一首：“无拳无勇，无饷无兵。联络山海，矢助中兴。天命不祐，祸患是婴。千秋而下，鉴此孤贞！“写毕，一头扎进池水中以图一死报国，谁料却被追兵拉起，他仰天大笑：“我就是陈兵科陈邦彦！“

邦彦被押到广州后，佟养甲派医生为他治伤，送上佳肴想劝降，可是邦彦笑而却之，他以文天祥为榜样，写了《狱中步文丞相韵》诗，谓“泉路若逢文相国，不知双眼可谁青？“在狱中绝食五日。佟养甲眼见劝降无望，于是下令将邦彦押往四牌楼（故址在今解放南路）杀害。临刑时，邦彦慷慨写下《狱中五日不食临命歌》而高歌：“天造兮多艰，臣之江也浒。书生漫谈兵，时哉不我与。我后兮何之？我躬兮独苦。崖山多忠魂，先后照千古！“歌罢，从容就义。

陈邦彦深具民族气节外，诗文也饮誉当时，有《雪声堂集》、《南上草》、《易韵数法》等遗世。他的诗无论思想性、艺术性都达到相当高度，与著名诗人黎遂球、邝露并称为“岭南三家“。他还工书法，在狱中时，吏员们爱他一笔好字，争着拿纸来狱中求字，邦彦来者不拒，挥洒自如。《岭南书风》说：“陈邦彦，号岩野……书法少见，今所陈列，或是真迹，有刚健之气“。