原体请求帝皇给他一段时间让他尽可能的学习帝国当前的情况，并让他能“四处走走”亲自考察帝国各个世界的人文、制度和科技水平。帝皇经过一番思考后答应了他的请求，并亲自为他安排了考察的行程，这其中既包括泰拉、火星这种有重要意义的世界，也有一些处于落后的蛮荒世界以及一些处于大远征前线，交战正酣的世界。用帝皇的话说：“用你自己的眼睛、自己的耳朵去听、去看，然后用自己的大脑去寻找人类发展的道路！”

原体没有辜负帝皇的期望。当他在十年后回归远征舰队时，他带回了自己对帝国境内不同星球社会的考察报告、对帝国军队战术和组织的规划以及数十个原体自己设计的STC模板：这一次，他已经准备好了领导自己的军团。

当原体走到了期待已久的第二军团阿斯塔特们的面前时，整个军团都在为自己的基因之父回归而欣喜不已。

然而当他们想如其他军团寻回基因之父时一样下跪宣誓效忠时，他们听到了来自原体的第一个命令：“站直了，不许跪下！”

基因原体的命令让这些身经百战的战士们感到困惑。很快他们就接到了第二个命令：今后军团内部废除跪拜礼，代之以行军礼表示尊敬。

基因原体清楚明确的告知自己的基因子嗣：虽然自己被这些超人战士视为父亲，但他们之间更应该是为了人类未来共同奋斗的战友和同志。其他人，包括凡人辅助部队甚至普通仆役都是平等的，军团内部只应有分工的不同，没有人格的上下之分。

原体很快开始按照自己的思路改造第二军团。第二军团与其他军团之间的差异也开始迅速成型：首先，原体下令确定了第二军团的标记和战吼。如同在母星时一样，原体将象征劳动者的镰刀锤子作为军团徽章，而带着镰刀锤子的红色旗帜成为了军团的战旗。军团的战吼则是“生而为人，死而为人”。

其次，原体命令军团战士间的互称由“兄弟”改为“同志”。这是他在母星和游历帝国过程中获得的经验之一：血脉联系并不稳固，因为不同利益反目成仇的兄弟、父子比比皆是，唯有共同的信念、共同的目标和理想结成的共同体才是最坚定的基石。

第三，在编制上，原体对原有的作战指挥体系并没有大的改动，在连队这一级别之上设立了“营”、“团”两个层级作为独立的作战单位。同时，为了满足原体让所有战士明白自己为何而战的要求，在连队上设立与连长平级的“政治导师”一职，以帝国真理为蓝本，对士兵们开展教育和鼓舞。所有的政治导师都是在小队内服役超过百年的老兵，在军中有极高的威望和出色的战斗技巧。不仅可以启迪和鼓舞士兵，必要时他们也可以充当小队的矛头将帝国的怒火洒向敌人。

在营、团一级，这种职务则被放大为“大导师”和“政治委员会”，军团本身设有“政治部”。

在辅助军内也设立了同样的组织，同级别政治组织和政治军官、士官可以与自己的阿斯塔特同行们平等交流。对于重大军事行动，不经政治主官和相应组织同意的军事行动则不被允许开展。

原体对第二军团的改革让它变成了在其他军团眼中极其特立独行的阿斯塔特团体。太空野狼的基因原体鲁斯就公开对原体的行为表示不解和嘲讽，认为他没有把自己当成战士，反而变成了一个蝇营狗苟的帝国官僚。

倒是第一军团原体莱恩表示了理解，颇有兴致的旁观着第二军团的变化。莱恩曾亲自来到军团舰队跟原体交流过建军思想。事实证明：原体的这一系列举措在后来的岁月中成为了第二军团重要的支柱。

第四条也是引起巨大争议的一条，就是原体下令在军团里要收集和保留当前所有武器和机械设备的STC模板，并组建了专门团队来解析相关科技。毫无疑问，这种行为引起了机械教的严重不满，数个铸造世界宣布不与第二军团合作——然而这道命令还是被毫无保留的执行了下去。

没人知道为何原体会对机械教抱有如此的不信任。一些人猜测可能是他们对自己造物的狂热崇拜让对宗教异常抵触的原体有了反感，也有人推测可能与原体之前在母星的经历有关——任何外力都是靠不住的，把握自己命运的唯一办法就是把一切有利因素都掌握在自己手里。

不论如何，第二军团的这一系列改革需要经过实战的检验，很快的，大远征将这些考验安排到了他们的面前。