此外，秦始皇在处理六国国君时，采取了不同的策略。例如，韩国和赵国的国君分别被处死和流放，而燕国、魏国、楚国和齐国的国君则分别被俘虏或死于流放之地。这些处理方式反映了秦始皇对于不同国家及其国君的态度和策略。

同时，始皇帝派出术士徐福去往海外仙山为其寻觅长生不老药。

（有传闻说，徐福寻觅长生不老药是假，实际上是为处置那些原本由六国贵族供奉祭祀的邪神妖仙。这些邪神妖仙虽是被始皇帝所击败，它们并非是人间之物，人间的手段难以将之击杀，只能长期囚禁。但是始皇帝唯恐将这些非人之物留在大秦境内迟早会生成祸患，于是派遣他的首席方士将这些邪神妖仙流放到位于汪洋大海之中的归墟之中，令其无法返回人间，永绝后患。只是，徐福与数千大秦锐士押送着那些邪神妖仙一去不复返，也不知是途中遇到了什么变故，但总算那些邪神妖仙从此绝迹于大秦的疆域之中了。）

另一方面，始皇帝听从丞相李斯的建议，有计划分阶段的修建遍及全国的驰道、直道，连通各地的长城，并开始着手修建新的皇宫：阿旁宫以及自己的皇陵。

秦历二年，为了彰显皇帝天威，始皇开始巡游天下。期间，不甘心就此沦为平民、想要重回贵族阶层的六国余孽对始皇帝展开了一次又一次的刺杀。期间，本是赵国宗族远支、同时又是始皇帝近臣的中车府令赵高为替母国复仇暗中与六国余孽联系，那一次又一次针对巡游中的始皇帝的暗杀便是他的手笔。最终，始皇帝于沙丘宫中被刺客所杀。

（赵高身为始皇帝的近臣，除了精明能干、精通律法之外，更是一名深藏不露的鬼道高手。

当时，天地间的灵气不断衰减，修行者不得不另辟蹊径，寻找新的修炼资源。同时，中原大地之上列国分疆、彼此征伐，令得战乱不断，无数惨死在战乱之中的无辜百姓、死难将士还有大量的邪神妖仙，其死后遗留的不甘、怨恨、邪能充斥于天地之间。最终，这些力量汇聚成了一股冲天的怨气，打破了阳世与阴间的界限，令得大量的恶鬼邪灵冲入人间。人间的修士在与恶鬼邪灵经年累月的对抗中，摸索出了一套借助鬼灵修炼的法门，是为鬼修。赵高便是当时一名极富盛名的鬼修，精研鬼道神通：青劵密鉴，在始皇帝登基称帝之时已经达至阎罗阴神的至高境界。

始皇帝虽是早已清楚赵高是个隐患，但是因其另有更重要的敌人要应付，需要借助赵高，故而一直将之留在身边，并未点破其身份。而始皇帝要对付的那个强敌，便是来自阴世的亡者之尊：万恶世尊。

此孽乃是源自阴世的鬼王之王，从生者死后遗留无尽的怨恨与滔天的杀意之中诞生。也因此，也对生者的世界充满了极端敌视，欲将之灭之而后快。同时，此孽聚集万千亡魂恶念，令得身负无比邪能，实乃是阳世人间的一大祸患。

始皇帝借着女娲氏遗留下来的十枚浑天宝鉴水晶之助，遇见到了此孽一旦降临人间，将会带来灭世浩劫，于是大兴土木，修建亡灵疆界——万里长城——将那些人间与阴世的薄弱点镇压封印，同时更借着修建骊山陵墓为幌子，修建了一座用来彻底隔绝人间与阴世的大阵。

只是，要发动这座大阵，需要配合天时地利，以人皇之血、天龙之魂发动。于是始皇帝只得以自己为祭品，献祭于大阵，催动大阵，永绝后患，保得赢氏一族与大秦子民万世永昌。

始皇帝也心知大秦的敌人众多，若是此事走漏风声，必定会有人会破坏此阵。而在发动之前的大阵无比脆弱，同时如果让人知道其要以身祭阵那大秦的敌人也必将开始蠢蠢欲动，动摇大秦的根基。于是他只得将此事引而不发，只有他钦点的继承人：嬴胡亥及其他的嫡长子：赢扶苏二人知道。

扶苏与胡亥俱是始皇帝所有子嗣中最为出类拔萃的，皆是治国安邦的经世之才。只是，因扶苏偏于儒家，于其死后极有可能再现的乱世略显柔弱，是以始皇帝才会挑选与其一样青睐于法家且性子与他一般无二的十八子为皇位继承人，让扶苏为辅政监国。同时，更将赢扶苏派往边疆，名为抵御边疆匈奴，实为暗设伏兵，只待他祭阵之后那些潜伏于暗中的敌人现身之后，若是朝廷无法应对，扶苏便领兵勤王，平定叛乱。

至于明知赵高是一连串针对自己的暗杀的幕后黑手，但依旧放任不管，也是为了掩人耳目，为了令他能在无人怀疑的情况下在正对的时辰顺利进入大阵之中发动大阵，令万恶世尊难以降临人世。待到一切安排妥当之后，始皇于秦历十一年，第五次巡游中被刺杀于沙丘宫中。）

秦历十二年，始皇帝第十八子嬴胡亥遵从始皇帝生前所立之遗诏登基称帝，是为秦二世。同年，大泽乡起义爆发。