当时三吴地区长久太平，士兵不熟悉作战，只知道望风奔逃溃散，有的甚至投降归附孙恩。孙恩在会稽停留十多天，聚众达到数十万人，于是自称征东将军，胁迫士人为官属，号称长生党。士民有的不肯依从，就屠杀其家属，连婴儿也不放过。每次拘禁县令，就把他剁成肉酱，让他的妻子儿女吃，一旦不听从命令，就肢解示众。所经过的地方，抢掠财物，毁坏房屋，焚烧粮仓，无论男女，全部驱赶前往会稽服劳役。有妇人顾念婴儿，不肯马上前行，就把她母子都投入水中，并且笑着祝道：“祝贺你先登上仙堂，我随后就来。”想必是孙恩自知结局，所以有此谶语。百姓横遭残酷虐待，不计其数。孙恩担心出师无名，不足以鼓动众人，于是上奏表指责会稽王父子的罪过，请求立即诛杀。晋廷当然不允许，于是内外戒严，又加会稽王道子黄钺，晋升元显为领军将军，命令徐州刺史谢琰，兼任都督吴兴、义兴等诸军事，征兵讨伐孙恩。青兖七州都督刘牢之，自己请求攻击贼寇，上表后立即出发。谢琰是谢安的次子，很有威望，既然奉诏督军，就调集士兵，长驱直进。走到义兴，与贼党许允之大战一场，就斩下了许允之的首级，义兴城轻而易举地夺了回来。召回前任太守魏隐，仍然让他照旧办事。再移兵进攻吴兴，又打败贼寇邱尩，恰巧刘牢之也率军到来，于是与他分头征讨，转战前进，所到之处都取得胜利。谢琰屯驻在乌程，派遣司马高素协助刘牢之，向南临近浙江。有诏书命令刘牢之都督吴郡诸军事，刘牢之引荐彭城人刘裕为参军。各位看官听说，这刘裕是乱世枭雄，就是将来的宋武帝。此时正是开始发迹，自然英武出众，与众不同。相传刘裕是汉楚王刘交的二十一世孙，刘交曾经受封彭城，后裔就在彭城居住。后来随着司马氏向东迁徙，才移居到丹徒县的京口里。刘裕字德舆，小名寄奴，年幼时贫贱，粗识文字，喜好骑马射箭，善于樗蒱，无法谋生，无奈以编织草鞋为业。曾经到荻州砍伐荻草当柴，忽然遇到一条大蛇，长约数丈，他急忙拔箭射去，正好射中蛇的两眼之间，蛇负伤离去。第二天又去，看见有一群孩子捣药，就问做什么用？一个孩子答道：“我们大王被刘寄奴所伤，所以派我们采药，捣药敷伤。”刘裕又问：“你们的大王是谁？”孩子回答是山神。刘裕惊诧道：“山神难道不能杀一个寄奴？”孩子又说：“寄奴是王者不死。”刘裕听了孩子的话，胆气更壮，就叱退群儿，把臼中的药取走，每当遇到伤痕，一敷就好。从此胸怀远大，有出仕的想法，于是前往投奔冠军将军孙无终麾下，充入军队，不久，就被提拔为司马。刘裕作为一代君主，所以叙述清楚他的履历。

刘牢之曾经听说刘裕智勇过人，于是引荐他参与军事，和他商议，刘裕的想法大多出人意料。刘牢之派刘裕率领数十人，去探查贼寇的形势。刘裕毅然前行，途中遇到贼寇数千人，就挺身而出与之战斗，随从大多战死，刘裕也被逼坠落到岸下。贼寇想要下岸刺杀刘裕，刘裕手中拿着长刀，向上砍杀数人，又一跃登上岸，大声呼喊杀贼，贼寇竟然吓得逃走。恰好刘牢之的儿子敬宣，见刘裕很久没有回来，担心他遇到危险，于是率兵去寻找，等到看见刘裕孤身驱赶贼寇，不禁惊叹，于是协助刘裕进击，斩杀贼党一千多人，然后回营。

孙恩之前占据会稽，听说八郡响应，喜出望外，就笑着对党羽说：“夺取天下易如反掌，我应当与诸位穿着朝服到建康。”后来因为贼党屡次失败，又听说刘牢之的军队已经临近江边，又对众人叹息道：“我割让浙江以东，尚且不失为越国的勾践。”等到刘牢之率军渡江，以防贼寇相继溃败逃回，孙恩扼腕道：“我不羞于逃走，将来再出来也不迟。”于是驱赶男女二十多万人，向东急奔，沿途抛散宝物子女，诱惑官军。果然官军从后面追赶，看到珍奇的宝物，年幼秀美的子女，无不争抢，于是赶路迟缓，不能追上孙恩，孙恩又逃回海岛中去了。高素也接连打败贼党，斩杀孙恩所任命的吴郡太守陆瑰、吴兴太守邱尩、余姚令孙穆夫。东部地区的人民，渐渐回到旧居。只是官军也不免抢掠，以暴易暴，很失民心。朝廷担心孙恩再来，任用谢琰为会稽太守，都督五郡军事，率领徐州的文武官员，镇守海浦。谢琰凭借资历和声望镇守越地，当时舆论都说他驾驭有方，不会有后患，哪知他到任以后，荒废职务，既不安抚百姓，又不训练士兵，整天在厅舍中闲居，饮酒自遣。将领大多入内请求说：“强贼在海，伺机行动，应当广施仁风，宽猛相济，让他们改过自新。”谢琰傲然道：“苻坚拥兵百万，尚且在淮南送死，何况孙恩败逃海岛，怎能再出来？如果出来，那是上天歼灭贼党，让他速速死去。”于是不听从请求。

不久孙恩果然再次侵犯浃口，进入余姚，攻破上虞，进逼邢浦，距离山阴北面只有三十五里。谢琰于是派遣参军刘宣之率兵前往攻击，打败贼众，孙恩又退回海中。刘宣之回军报告谢琰，谢琰更加认为贼寇不值得忧虑，高枕无忧。偏偏孙恩探得官军已经返回，又率领众人登岸，再次进攻上虞。太守张虔硕率兵出战，被孙恩打败，败逃到邢浦。孙恩乘胜进击，戍兵大多望风而逃，于是贼势又起，人心大惊。警报纷纷传到谢琰那里，谢琰还是不在意，将吏又在谢琰面前请求，说：“应当严加防备，挫败贼寇的锋芒。”谢琰还是摇头说：“他们是来送死的，等我一出兵，就可以立刻歼灭了。”谈何容易。有人说：“贼寇很猖獗，不可轻视，最好预先派遣水军，埋伏在南湖，等他们到来，发动伏兵截击，不愁不胜。”此计最好。谢琰付之一笑，总认为贼党是乌合之众，容易破灭，不必多设计谋。

拖延了一两天，贼寇已经大批到来，谢琰还没有吃早饭，听到报告就出发，召集将士，命令攻击贼寇。帐下督张猛，请吃完饭再行动。谢琰瞪着眼睛说：“小小贼寇，一鼓可平，我应当先消灭这些贼寇，再回来吃饭也不迟。”张猛又说：“众人都饿着肚子，怎么作战？”谢琰不等他说完，就厉声喝道：“你敢违抗我的军令吗？左右赶快把他拿下，斩首来报！”他的将领见谢琰发怒，就环跪在帐前，为张猛求情。谢琰还坚持“死罪可免，活罪难饶”两句话，命令把张猛杖责数十，然后释放。一面出厅上马，命令广武将军桓宝为先锋，匆匆出战。走到江塘，与贼寇相遇，桓宝很有胆量，率先冲锋陷阵，杀贼很多。谢琰见先锋得胜，指挥军队急进，怎奈塘路狭窄，不能四面一起前进，只好鱼贯而行。谢琰还嫌迟缓，从后面催促，不料江外有贼舰驶来，舰中的贼寇弯弓连续射击，都向官军射来。官军无法躲避，很多被射倒，贼寇又从舰中登岸，上塘冲击，把官军截成两段，官军前后不能相互照顾，前面的贼党，顿时起劲，围住桓宝。桓宝虽然号称骁勇强悍，终究不能长久坚持，手下所率领的士兵，又是饥饿疲惫得很，无力再战，桓宝自知必死，索性下马格斗，杀贼数十人，刀缺力竭，自刎而亡。其余的士兵都做了刀下鬼。

那谢琰率领后队，不能前进，自然倒退，到了千秋亭，贼寇不肯放过，还是恶狠狠地赶来。谢琰正在着急，忽然背后有一骑奔来，用刀砍谢琰的马尾，马因疼痛倒地，谢琰也坠落下来，头上又挨了一刀，便就此死去。究竟是被谁所杀？原来就是帐下督张猛。张猛既杀谢琰泄恨，逼迫官军投降贼寇，官军有的逃跑有的投降，贼寇得以和张猛一起进入会稽。一不做，二不休，可恨这叛逆的张猛狠心，还要屠杀谢琰的家眷。谢琰有两个儿子谢肇、谢峻，都被杀害，只有小儿子谢混曾经娶晋陵公主，孝武帝的女儿。在都城任职，幸得免难。后来刘裕在左里打败贼寇，活捉张猛，押送给谢混。谢混挖出张猛的肝脏，生吃泄愤。有诏书说：“谢琰父子为君亲而死，忠孝聚集在一门，应当一并加以表彰。”于是追赠谢琰为侍中、司空，赐予谥号忠肃。谢琰的儿子谢肇得以追赠为散骑常侍，谢峻得以追赠为散骑侍郎。