东厂、锦衣卫是明代两大特务机关。这也是魏忠贤着力控制的部门。东厂负责侦察和刑狱。天启三年（1623年）十二月，他提督东厂，就把东厂的侦察和刑狱的大权抓在自己的手里。锦衣卫是与东厂平行的特务机关，由朝廷直接控制，捕人与刑讯不必经过外庭法司的法律程序。魏忠贤安排他的心腹、五彪之首的田尔耕去掌锦衣卫事。田尔耕阴险狡诈，善于投机钻营，与魏良卿结为莫逆之交。在魏忠贤大兴冤狱，残害忠良过程中，他大打出手，凡被捕下锦衣卫者，多不能获释活着出去。锦衣卫都指挥金事许显纯系五彪之一，性残忍，魏忠贤让他掌北镇抚司，专管锦衣卫狱。每次审判案犯，都依魏忠贤的意旨去办。他还让五彪之一的崔应元，任锦衣指挥。五彪中的孙云鹤、杨寰，也被派去担任东厂理刑官和东司理刑。这样，就把厂、卫两大特务机关的大权牢固地置于他的绝对控制之下。

魏忠贤跪谢皇，回去准备离宫了，但朱由检并没有因为魏忠贤的这番举动而减少对于魏忠贤的猜忌，相反他总觉得这样处理魏忠贤自己很不爽，又听闻是自己信王府里的老人给魏忠贤出的主意，心中就更加不快，于是将徐应元召来斥责一番并再次将魏忠贤贬往中都凤阳守祖陵。致此魏忠贤算是彻底倒台，因为守皇陵到死也不能离开半步。

魏忠贤他竟然错误地以为他与新皇帝的恩怨到此结束了，出京的时候，竟然还带着卫兵1000人、大车四十余辆浩浩荡荡地向南而去。一这无疑刺激了朱由检这个少年敏感的神经。但凡成熟一点的就能明白，你既然不打算抄魏忠贤的家啊，又让人家去守陵，人家肯定要是要将全部家当带去啊，再说按照魏忠贤九千岁的身份，一千来个家丁仆人并不算出格。

但是朱由检是谁？一个极度自卑的少年突登上高位自尊心极度膨胀，在别人看来习以为常的举动，他认为魏忠贤是在挑衅。再加上卷土重来的东林党嘴炮们的鼓噪，崇祯估计也穷怕了，想着魏忠贤是不是带了很多钱财？于是朱由检接着下了一道谕旨，命锦衣卫旗校将魏忠贤缉拿回京。

魏忠贤虽然离开了北京，但是徒子徒孙还是有不少人的，所以皇帝的新决定他很快就收到了，他是郁闷的，他觉得天启皇帝那么信任他是因为东林党人不可信，他是皇帝和费东林党人的挡箭牌，人人都说阉党，魏忠贤心里明白他是正儿八经的帝党。

他魏忠贤确实钱倾天下，但是皇帝缺钱的时候第一个想到的就是魏忠贤，魏忠贤也从来没有辜负天启皇帝的信任。

他以为朱由检会明白东林党人的难以驾驭，没想到如今天启早早驾崩，光宗就是他们害死的，先是千方百计阻挠福王成为太子，然后等到光宗即位，发现好像不太听话于是就直接干掉。

现在小皇帝莫名其妙地疏远自己也就算了，自己请辞，完全不顾君臣情谊一请即准，接着更是直接发配。结果这还没完半路上又得到消息要让锦衣卫捉拿自己，这完全是东林党人的做法啊，魏忠贤不认为自己回到京城还有活路。但是神为阉人有没有强大的家族依靠，失去了皇帝的信任就只有死路一条了。

十一月六日，在阜城县南关的旅舍中，得到消息的随从们各自抢了一些财物离去，他们当然知道发财要趁早，必须在锦衣卫彻查之前完成销赃。亲兵散尽的魏忠贤孤零零地呆在客栈中。

魏忠贤闭上眼睛眼泪夺眶而出，嘴里喃喃自语：“皇上，老臣去了，你要保重啊，要小心东林党人，他们除了嘴上功夫就只会欺负皇上您，今后老臣不在了，还不知道他们会如何放肆啊……”