魏忠贤见皇帝不为所动，于是请求停止为他建造生祠。崇祯帝的批复不温不火：“以后各处生祠，其欲举未行者，概行停止。”这种顺水推舟之举，抑止了朝野上下对魏忠贤的崇拜，又不致引起魏忠贤的恼怒。

与此同时，崇祯帝还不断嘉奖魏忠贤、王休乾、崔启秀等人，这是在等候时机，暗暗设法削弱魏忠贤的影响力。

朝廷中的大臣们，都在寻思保全自己的良策，有投机的，有不动声色的，有冒死直谏的。然而，出人意料的是，最后倒魏的行动，竟然首先是由魏忠贤的党羽发动的。御史杨维垣上疏弹劾崔呈秀，却美化“厂臣”魏忠贤。崔呈秀是魏忠贤的得力干将，他的倒台，等于断了魏忠贤一臂。

朱由检当然不愿意错过这个机会，于是下诏免除崔呈秀兵部尚书一职，令他回乡守制。这掀开了倒魏的大幕。官员们弹劾魏忠贤的奏疏接二连三地出现。崇祯帝一直不动声色，任由臣工们攻击魏忠贤的浪潮一波胜过一波。

十月二十六日，海盐县贡生钱嘉征上疏，列举魏忠贤的十大罪状。于是，朱由检决定立即开始行动，他召魏忠贤，命令太监当着魏忠贤的面宣读奏疏。

魏忠贤知道这次事情不妙，于是去找他的赌友徐应元，讨教对策。徐应元劝魏忠贤请辞，魏忠贤思来想去，觉得也只有以退为进这一招了。次日，魏忠贤请辞，朱由检立马同意。然而，朱由检却没有拿回财政权和情报网密探名单。

魏忠贤深知要想巩固和扩大权力，控制朝廷是关键。他挖空心思地网罗党羽，组成了以他为核心，以宦官为骨干，以投靠他的大小官吏为羽翼的阉党集团。这个集团，在内廷有心腹太监王体乾、李永贞、王朝辅、李朝钦等三十余人。外廷有五虎、五彪、十狗、十孩儿、四十孙。

内阁是明朝皇帝的办事机构，在明朝后期，内阁权在六部之上。魏忠贤为了控制内阁，就在内阁中培植和安插亲信。天启元年，沈灌入阁，魏忠贤就与沈灌勾结，大力排斥异己。接着选派亲信顾秉谦、魏广微入阁。

然而，随着魏忠贤的倒台，朝廷的风气为之一新。崇祯帝开始着手整顿朝纲，清除阉党余孽，提拔贤能。他深知，只有恢复朝廷的清明，才能让大明王朝重新焕发生机。

在崇祯帝的努力下，大明朝堂逐渐恢复了秩序，官员们也开始认真处理国家大事。虽然前路依然充满挑战，但崇祯帝相信，只要坚持正道，大明定能迎来中兴。