面对即将到来的末日，地球联合理事会和神庙经过谈判终止了无休止的战争，地球联合理事会和神庙秘密成立了存续院，旨在人类的存续和文明的传承，“拉撒路计划”开始秘密实施。拉撒路是《圣经·约翰福音》中记载的人物，他病危时没等到耶稣的救治就死了，但耶稣一口断定他将复活，四天后拉撒路果然从山洞里走出来。存续院的存在就是让即将面临毁灭的人类和文明找到复活之路。

总有人说科学的尽头是玄学，随着环境的日益恶劣，绝望的日益加深和越来越多当前科学无法解释的现象出现，许多科学家精神崩溃，最终选择相信神祇的存在，并遵循神的指引，加入了神庙的阵营。只有一少半科学家坚定地认为任何现象都能得到合理的科学解释，当前解释不了是因为人类当前的科技水平和认知还不够，只要人类的文明能够存续，科学能够继续发展，人类终究有一天能了解到所有一切的真相。大批信仰神明的科学家的加入使得神庙阵营的科技水平暴涨，成功反超了地球联合理事会，并利用为数不多的资源成功制造出了的无比强大的死亡机器人，渴求更多资源和权力的神庙高层撕毁停战协议，对地球联合理事会发动了毁灭性的战争。存续院也因大批的神庙阵营科学家撤离而分崩离析，“拉撒路计划”搁浅。

公元2145年，科技力量的增加帮助神庙在战争中取得了绝对优势地位，占据了更多的地球资源，为了人类的存续，神庙启动了“方舟计划”，开始筹备星际移民的工作。

公元2150年，神庙的第一批死亡机器人携带着数万人类和各类动物的冷冻胚胎乘坐“方舟号”宇宙飞船，开往开普勒-22b行星探索，一旦发现开普勒-22b行星事宜人类生存，就立即向地球发送信息，同时孵化胚胎，开辟殖民地，重建人类文明。神庙众人希望那里是众神赐予他们的应许之地。

公元2300年，由于科技水平的领先，神庙势力凭借着杀伤力巨大的死亡机器人继续蚕食地球联合理事会的势力，苟延残喘的地球联合理事会在一次战斗中侥幸俘获了两名第三代死亡机器人，篡改了它们的代码，并成功的复制了死亡机器人的技术，实现了批量生产，战争的局势开始扭转。于此同时，地球联合理事会得知了神庙的“方舟计划”已经实施，抢先开始了星际移民的计划，于是暗中启动了“蒲公英计划”，一旦确定开普勒-22b适宜人类生存，便同样向开普勒-22b移民，争企图在更广阔的开普勒-22b上多去一块属于无神论者的生存之地。

公元2700年，神庙接收到了“方舟号”从无比遥远的开普勒-22b上传回的信号，确认“开普勒-22b”上适宜人类生存。神庙高层欣喜万分，迅速开始了筛选星际移民的计划，重心也开始从战争向星际移民转移。而就在筛选的过程中，人性的贪婪和求生的本能暴露无疑，最终在神庙高层和贵族资本家乘坐“开拓号”飞船前往开普勒-22b后，自觉被遗弃的神庙信徒们发动了暴乱。地球联合理事会在漫长的战争中终于迎来了转机，他们成功研发出第十代死亡机器人，重整旗鼓的地球联合理事会与神庙展开了最后的战争。

公元2750年，第十代死亡机器人意外诞生了自我意识，拥有了独立意识的死亡机器人对长久奴役和控制他们的人类进行了毁灭般的打击，神庙和地球联合理事会的实力几近灭亡，只有少数人和存续院保留了下来，在地下堡垒和秘密基地中苟活，躲避空中死亡机器人的一遍遍搜索。长达数个纪元的战争消耗了大量的资源，也加速了环境的恶化和物种灭绝，使得本就满目疮痍的地球更是面目全非，

公元2826年，此时的地球已经被无尽的汪洋淹没，只有少数的几座孤岛存在，成为了名副其实的蔚蓝色星球。一切都被深埋海底，人类几近灭绝，。幸存的人类已经有少数开始进化出了鳃和蹼，向两栖生分方向进化。作为地球上残存人类心中的圣地——珠穆朗玛峰，曾经地球上最高的山峰，如今已经成为一座孤岛，存续院最后的秘密基地就设立在此。利用仅剩的资源，制造了“伏羲”、“女娲”、“亚当”“夏娃”四台液态金属机器人。计划由“伏羲”和“女娲”携带十六个人类冷冻胚胎、存续院六名工作人员的电子记忆数据、以及存续院保存的全部知识数据，乘坐仅剩的“希望号”飞船，开往开普勒-22b，希望能重延续地球联合理事会的唯物主义文明。留下的工作人员则进入冷冻舱陷入沉眠，“亚当”和“夏娃”负责守护休眠的工作人员和冷冻胚胎，期待在环境重新适宜人类生存后，重建人类文明。