在这种情况下山海关总兵吴襄只能带着关宁骑兵赶到保定府，与此同时蓟镇总兵邓玘，天津总兵王洪，保定总兵刘国柱，密云参将牟文绶，参将彭友谟等部明军主力也在孔有德的压力下撤入保定，至此大明在华北地区所能集结的全部野战部队都集中在保定府，与此同时崇祯也向他们下达了命令，崇祯要求他们务必死守保定府，绝对不能让鲁军继续推进，毕竟保在定府后面可就是京师，并且崇祯皇帝还任命高起潜为监军统帅各部明军。崇祯希望明军能够在保定挡住葡鲁联军，然后再他从山西和辽东调兵增援，然后再从中原和南直隶调遣明军配合北路两路夹击，对此孔有德很清楚自己的处境，因此他任命自己的好兄弟总兵耿仲明留守山东，并且让他统帅总兵李应元和王子登等部鲁军，防备南边的大明提督陈洪范和义勇副总兵刘泽清等部，由于李九成的阵亡现在的耿仲明就是鲁军二号人物，资历轻的李应元和没威望的王子登自然不会反对，此外孔有德也事到如今并不想把事做绝，他到现在还没有推翻明朝的念头，他主要是想让大明主动承认自己占据山东。
然而就在崇祯皇帝盘算着两路夹击的时候，穆里尼奥突然率领葡萄牙军队展开了行动，穆里尼奥没有率领葡萄牙军队配合鲁军攻打保定府，他直接率军沿着河流北上杀向京师，这个举动直接震惊了大明朝廷上下，很快葡萄牙军队接连攻克香河等地，逃亡的明军表示葡萄牙士兵青面獠牙火力强大，他们的夸大其词加剧了朝廷内部对此的恐慌。崇祯见状立刻命令京营出击挡住葡萄牙军队，结果葡萄牙军队交战的时候先是用火炮狂轰滥炸，然后葡萄牙士兵再用火绳枪去扫射，最后大量挥舞着双手剑的欧洲佣兵冲向明军大肆砍杀，结果毫无作战经验的京营直接就被葡萄牙军队打崩，穆里尼奥甚至都没有命令步兵列阵，他通过此前跟鲁军将领的交流，已经大致明白京营都是什么货色。
结果很快葡萄牙军队就这么轻松的占领了重镇通州，通州是大运河的出口，这里囤积着大量的粮食和货物，于是眼红的葡萄牙军队在这里展开了疯狂的劫掠，这些葡萄牙军人和欧洲佣兵不远万里来远东去作战，他们虽然口头上都说是来支持天主教的，但他们的主要动力就是抢东方的财富，所以他们进了通州这个京师外围最重要的运输港口后个个是欣喜若狂。结果很快通州城里的瓷器，茶叶，古玩，丝绸和其他奇珍异宝全部被他们洗劫一空了，京师内部的王公显贵囤积在通州的货物全被抢光，欧洲的士兵对此自然非常开心，要知道茶叶瓷器这种东西在欧洲非常的珍贵，这次抢掠已经够他们整个家族在老家过上无比富足的生活了，要不是穆里尼奥强令士兵们不得无端拆毁建筑杀戮百姓，通州城都差点被这些亡命徒夷为平地。
穆里尼奥的葡萄牙远征军在通州劫掠的时候京师的明军只是在作壁上观，事到如今他们对外面的葡萄牙军队非常畏惧，而京城的大明勋贵再次陷入了恐慌之中，然后他们就开始去弹劾朝廷不作为，在这种情况下崇祯只能罢免了众多官员，然后他任命素来忧国忧民爱讨论军事的杨嗣昌为兵部尚书，崇祯皇帝让他负责统领京师明军抵抗葡萄牙军队，杨嗣昌见状只能万般无奈的上任了。然而此时明军里面认为葡萄牙军队比己巳之变的后金军队还恐怖，因为是因为他们有孔有德作为外援，而且他们有足矣摧毁京师的红衣大炮，杨嗣昌在这种万籁俱灰的情况下走马上任，而与此同时穆里尼奥一边组织士兵把抢到的物资运到天津，一边以通州为中心不断派出葡萄牙军队在四周进行抢劫，那些勋贵的庄园在被后金军队抢过后再次遭到了葡萄牙军队的洗劫。
杨嗣昌意识到当前最好的办法是跟葡萄牙王国议和，但是他知道崇祯不可能接受这个结果，于是他提议让关宁军前来增援，他自认为华北明军各部集中起来死守保定是可行的，于是杨嗣昌建议让吴襄带着关宁军前来增援京师，然而崇祯对关宁军实在没什么好感，但是在杨嗣昌的好说歹说下还是勉强同意让关宁军增援京师。吴襄得到命令后立刻率领关宁军前往京师，而此时穆里尼奥的葡萄牙军队已经在京师周围分头劫掠，一时间周围庄园的海量的财富被葡萄牙人抢走，除此之外穆里尼奥还不断出动火炮轰炸京师制造骚乱，杨嗣昌只能窝在城里死守并且没日没夜的抢修城墙，与此同时很快吴襄就率领关宁军抵达良乡，在当地劫掠的葡萄牙军队发现来了几千明军骑兵就立刻溜号。
穆里尼奥在得到消息后立刻判断是关宁军主力抵达良乡，于是他立刻命令各路葡萄牙军队停止劫掠并且全部集结到通州，此时葡萄牙军队已经抢的差不多了所以他们就赶紧集结，很快穆里尼奥就在良乡集结了自己旗下的两万军队，他计划凭借着通州的粮食和城墙跟明军进行周旋，此外天津那边有海军舰队和水兵进行防御。其实吴襄本来可以率领关宁军追击，但是杨嗣昌却立刻把他们调到京师，因为他需要关宁军的威名稳定人心，结果这就给了穆里尼奥集结军队的时间，而与此同时崇祯见葡萄牙军队撤军顿时又找回了信心，他立刻打算让吴襄带着关宁军反攻通州，吴襄见状顿时脑袋都大了，他之前在山东都打不动穆里尼奥率领的军队，现在穆里尼奥的军队扩张到了整整一倍，还都是葡萄牙正规军和欧洲佣兵，这让现实的吴襄更是毫无信心，更不幸的是杨嗣昌认为穆里尼奥撤军说明他害怕吴襄的关宁军，所以他跟崇祯说让吴襄乘胜追击也没什么问题。