小智为了打倒金黄道馆馆主娜姿，和皮卡丘来到了紫苑镇想收服幽灵系宝可梦。小智原以为会和原版剧情一样，结果这次不是原版剧情而是起源片剧情。

听乔伊小姐说：“想去宝可梦的灵骨塔之前，一定要去宝可梦之家。”

于是小智和皮卡丘来到了宝可梦救助所。

“你好！有人在吗？”小智敲门进去。

“来了！”一个绑双马尾的女孩出来迎接他们。

“这里是宝可梦救助所对吧！”

“是的！这里是给被丢弃或者是没人饲养的宝可梦所提供的住所，照顾宝可梦的家。”女孩解释道完，就带着他们参观。

宝可梦之家里有很多人在照顾宝可梦。

女孩解释：“建造这所宝可梦救助所的富士爷爷说，‘世界有很多把宝可梦当做道具或者附属品利用的人。’这里本来是富士爷爷的家，为了宝可梦改建成了这个样子。”

“富士爷爷真是个好人啊！”看着周围的宝可梦小智感慨道。

“对，是啊！所有镇的人都来这里做志愿工帮助富士爷爷。我也是其中之一，我叫玲奈。”女孩解释完做了介绍。

“我叫小智，他是皮卡丘。”

“皮卡丘~”

小智也想帮忙，就在这时小智发现角落有个抱着一根骨头的小家伙，“是卡拉卡拉！”小智伸出手，卡拉卡拉向小智走了过来，小智用手抚摸卡拉卡拉，卡拉卡拉非常开心的接受小智的抚摸。

“好神奇哦！这只卡拉卡拉只愿意接近富士爷爷一个人，对其他人都很警戒。竟然会接近小智你？”玲奈惊讶的问道。

小智抱起卡拉卡拉回答：“我也不知道？只要我想帮助宝可梦伸出手，它们就像知道我会帮助它们一样接近我？”

玲奈惊讶的看着小智。

“对了！卡拉卡拉为什么会这样？”

“皮卡丘~？”

“因为火箭队。”

原来卡拉卡拉的母亲嘎啦嘎啦为了保护他而惨遭火箭队杀害。之后，被富士爷爷收养。

以前在偷猎时常出现误杀宝可梦的案例，所以后来宝可梦猎人们发明了一些不会误杀宝可梦的盗猎工具（如火箭队常用的网和宝可梦猎人J的手腕枪）。火箭队以前也是盗猎集团，后来才变成以统治世界为目标的组织。

“谢谢！我终于知道乔伊小姐为什么说，‘要去灵骨塔之前，一定要去宝可梦之家了。’”

“富士爷爷不仅是位亲切的人，对宝可梦的事他也都很了解。还教导了我许多知识。”

“那富士爷爷呢？”

“那个…”玲奈低下头好像有什么不好说的事。这时一个人从后门进来说：“找到富士爷爷了！”

“在哪，在哪里？”大家纷纷来询问。

“宝可梦的灵骨塔！？”听道宝可梦的灵骨塔大家非常惊讶。

“有人看到昨天富士爷爷独自进入宝可梦的灵骨塔。”