此时桓玄战败的消息已经在建康传播开来，局面彻底失控了，不仅有逃兵地痞趁乱抢夺财物，而且有了上次桓玄大开杀戒的先例，官员们也拼命地往外逃，以致于各衙门都陷入了瘫痪，更加剧了城内的混乱。不过此时谢重已经顾不得这些，将昨晚的事告诉桓玄之后，苦笑着说：“当初殿下不肯听我的话杀了刘裕，又纵虎归山才落得今天这般地步，早知今日何必当初呢！”

桓玄情不自禁，哭着自责道：“是孤不听先生的话才酿成大错，孤愧对先生。”

谢重伸出手擦拭着桓玄的眼泪，安慰他说：“千秋功过后人谈，英雄末路亦从容，殿下是当世枭雄，死也要死的顶天立地，我先走一步了。”说完拱了拱手驾着马车就往北门的方向逃去。

桓玄回想起刚入建康时意气风发，到如今一败涂地还不到一年，真是应验了那一句老话：“江山万古传，皇帝轮流做。千古英雄梦，岁月几度秋。”他从容地收拾了一下仪容，率领仅剩的亲兵头也不回地往前走去。

刘裕很快就带领着士兵们攻入建康，将桓玄团团围住。桓玄看着身边伤痕累累的将士，不忍心再让他们给自己陪葬，于是对刘裕说：“将军要杀的不过是孤一个人，只要能放过他们，孤情愿一死。”

刘裕想都没想就回答：“只要殿下投降，末将可以答应殿下。”

桓玄见刘裕应允，转身对身边的士兵说：“你们也有父母妻儿，没必要跟着孤白白送死，回去好好过自己的日子吧。”说完猛地推开了身旁的士兵，将宝剑架在脖子上又对刘裕说：“季布一诺，千金不易，孤这就随了将军的心愿，希望将军可以信守承诺！”说完一抹宝剑倒在了地上。

士兵们看到桓玄死了，于是纷纷放下武器投降。而一旁的赤炎麒麟忽然变得狂躁起来，围着桓玄的尸体一边转圈，一边嘶吼，转了几圈后竟然一头撞向了边上的墙垣，顿时脑浆迸裂鲜血满地。

刘裕看到这一幕惋惜地说：“真是难得的宝马啊！”说完冷眼看了看那些幸存的士兵，转身偷偷给刘道规使了个眼色，刘道规心领神会，率领手下忽然杀向桓玄的亲兵，这些士兵猝不及防又无处躲藏，很快就被全部杀光了。

这时有个士兵跑来向刘裕报告，说就在刚才谢重驾着马车从北门逃走了，何无忌与谢兆业已经率人前去追赶，刘裕仅仅回了一声知道了，就动身去皇宫寻找皇上。找到皇帝后刘裕恭敬地给皇帝下拜行礼，然后说：“逆贼桓玄犯上作乱，臣京口内史刘裕率领诸将讨逆，现在逆贼已经伏法，请皇上不必害怕。”

一年前上一任皇帝就是在这样的场景下被桓玄杀掉的，连带遭殃的还有半数以上的二品官员，皇上怎么可能不害怕，战战兢兢地回道：“爱卿劳苦功高，有功之臣还劳烦爱卿替朕厚加褒奖。”

“诺，皇上先休息，臣告退。”刘裕不愿意和皇上多废话，于是找了个借口就走了。经过桓玄的事情，天下都知道现如今皇上只是一个摆设，大晋朝已经名存实亡了。刘裕急着要和刘道规一起稳定住局面，好等何无忌与谢兆业回来商议下一步的行动。

另一边谢兆业与何无忌入城后，便按照事先的约定往城北走，北边是官员们居住的地方，他们的任务是稳住还留在建康的官员。这时有人报告说谢重驾着马车从北门逃走了，何无忌一听立刻带着骑兵去追赶，谢兆业听到是父亲也赶紧追了上去，他心里急得不行，想赶在何无忌之前拦住父亲，但是他的马哪里跑得过千里雪，不一会儿就被远远地甩在了后面。

谢重一直在刻意保持速度等待着追兵，所以何无忌很快就追上了马车，看到有人追来，谢重抽了几下马鞭，马车跑得更快也更加的颠簸了，在山路上发出“吱呀吱呀”的声音。何无忌见状也赶紧抽了几鞭子，隔空向着谢重喊：“谢大人，我们家将军礼贤下士，一定会重用大人的，桓玄已死，天下已经没有大人可以容身的地方，大人不要逃了。”

谢重只顾赶车并不理会他，何无忌无奈只能在后面紧紧地追赶，眼看前面到了一个转弯的地方，借着转弯的空隙，何无忌瞅准机会一箭射向马匹。谢重等的就是这个机会，看到一箭射过来，就假装躲避弓箭令马车失去控制，连人带马车翻下了悬崖。众人追至崖边看到马车经过翻滚之后跌入了滔滔江水之中，谢兆业内心悲痛万分却又不得不掩饰自己，何无忌摇摇头说：“可惜啊可惜，谢重也是难得的人才，没想到最后竟是这么一个下场。”

谢兆业想说些什么，又感觉如鲠在喉说不出话来，盯着江水看了一会，转身就走了，在场的人并没有发现谢兆业的情绪变化，七嘴八舌说了一阵也回去复命了。

晚上刘裕与大家聚在一起商议，刘道规先向刘裕汇报了白天的战况：“除桓玄的亲兵之外，其余士兵都安抚妥当编入了兵营，另外还收拢了近千名的散兵游勇，也都一并编入了兵营。目前士兵们还都安份，并没有扰民、抢夺之类的事情发生。”

谢兆业接着刘道规说：“由于上一次桓玄杀了不少官员，所以这次很多人趁着混乱逃走了，目前还留在建康的官员不足一半，各个衙门几乎都瘫痪了，当务之急是尽快选派新的官员就任，让朝廷重新运作起来。”

何无忌叹息了一声说：“如果谢重还在，这件事交给他做是最好不过的了。今天谢重驾着马车从北门出逃，我和谢大人率领士兵追赶，在栖霞山时谢重为了躲避我的弓箭，连人带马车跌落山崖掉入江中，如今恐怕尸骨无存了。我仔细检查了车辙，从车辙的深浅来看车上应该还有一个人，楚王府的下人们说破城之前谢重派马车将桓玄的妹妹接走了，因此车上应该就是桓玄的妹妹，只可惜。。。”何无忌摇了摇头不再说话。

刘裕安抚何无忌说：“既然已经这样无忌就不要再难过了，我们商量一下下一步该如何行动吧。”刘裕并不关心谢重，他现在更关心如何应付接下来的局面，以免自己成为第二个桓玄。

谢兆业轻轻叹了口气，看着刘裕回答：“这些年朝廷混乱不堪，任意放纵官员导致百业废弛，大族豪门趁机横行霸道欺压良善，以致百姓愁怨哭诉无门。如果想要避免重蹈覆辙，必须先要用威严约束住宫廷内外，再以严刑峻法约束百官，重整朝廷秩序。另外现在那么多空缺急需有人来填补，因此我们不得不借助士族的力量，王谧这个人虽然没有本事，但是在士族中很有名望，为人也颇正直，我看不如加封他录尚书事，由他负责填补百官的空缺，也能借此笼络士族；再用朝廷的名义命令刘毅去剿灭桓玄在各地的势力，我们趁机坐收渔利。至于封赏的话，将军功高勋重，不能直接要求担任要职，否则朝廷疑畏交加，必然引出大祸。京州最为重要，由二将军出任京州刺史作为羽翼，留孟昶在京州协助二将军一同管理；将军只需要留在朝中，遇到大事他们就不敢越过将军自行决定。其他的等到朝局稳定之后再从长计议。”

何无忌点点头，接着说：“京州距离建康太近了，只有二将军担任京州刺史我们才能睡得安稳。”

刘裕想了想，又看了看刘道规，有些舍不得将刘道规派去京州，他原本是想将刘道规留在朝廷里辅助自己，但京州刺史的确重要，给别人他又不放心。刘道规看出了哥哥的顾虑，宽慰哥哥说：“哥哥尽管坐镇朝中，朝廷的事有无忌和谢大人帮哥哥分担，弟弟替你守住京州，哥哥才能放得开手脚呀。”

刘裕点了点头没有答话，谢兆业接着说：“现在还有一件事可做可不做，不知道将军敢不敢去做？”

刘裕看着谢兆业疑惑地问：“什么事谢大人但说无妨。”

“皇上。。。”谢兆业在头颈上比划了一下，惊得在场人脸色一下子都变了。

谢兆业顿了顿继续说：“扶立小皇帝既有利于掌控朝局，还可以借机把皇宫的太监全换了，彻底掌控皇宫。”

刘裕转头看了看其他两个人，见他们没有表态，心里有点打鼓，犹豫了一会半推半就地挤出一句：“这件事做不好恐怕是会引火烧身的！”

“如今整个建康都在将军的控制之中，找一个小太监偷偷下点药，事后再把小太监除了，神不知鬼不觉。只有桓玄这种蠢货才会在大庭广众之下弑君！”谢兆业说完抬头看了一眼，发现刘裕的表情很复杂，又转过头看了看刘道规和何无忌，他们两个人听得很认真。”

刘裕还是没有吱声，大家明白了刘裕的态度，心照不宣默默退下。过了几天宫里传出了皇帝驾崩的消息，刘裕作为顾命大臣主持皇帝的葬礼，并遵照“遗嘱”扶立了新皇帝，开始筹备登基大典。由于连续的战争，建康遭到很大的破坏，一切都百废待兴，事务也繁杂紧急，谢兆业辅助刘裕果断决策，无不妥帖适当，这让刘裕对他刮目相看。

刘毅这时还在荆州，接到朝廷的敕令之后他不得不转战征讨桓玄的残余势力，并且派自己的堂弟刘藩代表自己入朝述职朝拜新君。鉴于自己曾和刘毅结盟，而且刘毅征战有功，刘裕便在自己的府中设宴款待刘藩，邀请了何无忌、刘道规、谢兆业以及众多的大臣陪同。席间刘藩多喝了几杯，竟然借着酒劲对刘裕说：“将军自京口起兵讨逆，劳苦功高，如今逆贼已灭，将军却留在朝中迟迟不肯回京口，岂不是让天下人误会将军有意仿效桓玄把持朝政？”

刘裕听到这番话脸色非常难看，但是又不便发作，一旁的何无忌见状反击说：“大将军天资英迈，赏罚严明，仁德兼著，不世之有，自起兵以来十战十胜，攻无不克。如今天下初定百废待兴，正需要将军留在朝中安定人心，何来把持朝政一说？而刘大人以蕃臣身份入朝参拜，却妄议朝政诋毁功勋，岂不是让天下人误会刘大人心怀二心？”

何无忌每个字都说在了刘裕心坎里，只见刘裕面露欣喜之色，朝着何无忌频频点头。

刘藩横着眼看了看何无忌，轻蔑地说：“朝廷之事自有朝廷公论，岂是你一白丁可以评头论足的？今天在座的都是朝廷官员，只有你一个人无功名在身，应该谨言慎行才是，竟然还在这大言不惭！”

何无忌本就看不起出身高门又无真才实学的刘藩，嘲讽道：“我虽无功名却也在为朝廷出力，不像刘大人素位餐食，桓玄篡位的时候闭口不言，这时候倒出来摆谱了。”