接下来的几天里，田承嗣焦宛儿、安小慧、杨宛一起商量，对锦衣卫重新进行整编，锦衣卫在江南地区、山东曹州地区、登莱地区有总兵力十五万，这次整编的只是江南地区的锦衣卫，江南地区锦衣卫共有八万多人，除三万水军其中陆战队一万人外，陆军五万五千多人，另有一万后勤官兵为崇明岛守备部队，他们保护岛上的兵工厂、码头的重要设施物资，有作为工人在兵工厂、码头等地做事。
江南地区锦衣卫具体整编方案如下：牛成熊、蒋尚武、蔡大山、田小军为一等营，每营官兵五千人，花铁干、狄云、温正、管得宽、吴飞、净明、楚昭南、温小四、乔拼、游正普、田小四、娄正刚、张玉为二等营，每营为三千人，一等营暂编三千人，另两千补入新兵，二等营暂编两千人，另一千人补入新兵，其余的一万多官兵编入中军、后军的伤兵营、辎重营、新兵营、妓营和收容营包括焦宛儿、安小慧、方慧英、温茜所部和田承嗣的亲兵队，要补齐各营兵员缺额，锦衣卫还得大规模招兵，不过这个整编要到北京城失陷消息传来，田承嗣才会正式开始实施。
水军方面因为水笙要生育了，由云秀莲去做她的助手，覃衍火负责河里的船队，陆战队由田承嗣的亲兵队长宋胜雄出任，王虎臣负责海里的船队，田承嗣原来的亲兵副队长顾长功，出任海军陆战队队长。
至于山东曹州地区红娘子部、登莱地区马贵、涂德海由他们自己整编，刘孔和部田承嗣给予支持暂不整编，以免刘孔和产生误会，对归德府的陈永福、许定国、卜从善、白祁政各部，田承嗣采取的是顺其自然。
就是这几天温正绑架了抚宁侯朱国弼，然后把朱国弼剁成碎肉，让军中的烈马和着草料吃了，骨头也被敲碎抛入大江，这两天抚宁侯府的人四处寻找主子，这些人都急得要疯了，可朱国弼已经进了马肚子，怎么能找得到呢，虽然金陵城里很多人怀疑朱国弼失踪跟田承嗣有关，经历过田府门前大屠杀的金陵人，也只能在私下议论一番，没有人站出来指责是田承嗣所为。
再就是李敷萝已经到了曹州，因为担忧父亲家人终于病倒了田家一行人也扶灵到了扬州城，据手下报告父亲还跟师傅见了面，而师傅史可法率领七八千人马滞留扬州，到现在也没有北上勤王，田承嗣对师傅史可法能力更加不看好。
刘宗敏睡了陈圆圆的事情被李自成知道了，毕竟陈圆圆的男人吴三桂已经答应归顺大顺军，李自成严厉的责备刘宗敏乱来，要刘宗敏把陈圆圆和吴三桂的父亲送回吴府，刘宗敏自然是不愿意，可架不住牛金星、宋献策、李岩等人劝说，刘宗敏不想犯众怒，于是耍了个滑头，把陈圆圆送到皇宫里去。
李自成见到陈圆圆后，被陈圆圆的美色迷住，把放陈圆圆回吴府的事情忘到九霄云外去了，当即就牵着陈圆圆登上龙床，两人在宽大的龙床上翻云覆雨，不太好色的李自成连来了三次，依然对陈圆圆兴趣高涨，于是就把陈圆圆留在皇宫里，再也不提送陈圆圆回吴府这件事了。
正是崇祯皇帝和大臣们相互推诿承担失地的责任，受封“平西伯”的吴三桂接到勤王的圣旨，从驻守的宁远到山海关，带着几十万百姓走了八天，十月十八日当吴三桂抵达山海关时，北京城已经是隆隆炮声了，吴三桂先头部队到达丰润时，北京城已经落入大顺军手里，崇祯皇帝也于前日自缢于煤山，吴三桂于是感到再去勤王已没有实际意义，马上率领队伍返回山海关。
在三月底，归顺李自成的唐通携带四万两白银前往山海关，并带来了吴三桂父亲吴襄写的招降信，面对李自成的招降，吴三桂故意问手下将领：“然非藉将士力不能以破敌，今将若之何？”
在场的所有人都不敢表态，吴三桂不得不再逼问道：“今闯王使至，其斩之乎，抑迎之乎？”
当诸将在他带着暗示和压力的迫问下终于回答：“今生惟将军命”时，吴三桂终于说道：“报使于李自成，卷甲入朝”。
在将山海关交付李自成手下将领唐通后，吴三桂率领队伍前往北京途中，得知父亲吴襄被捕，起初是并不在意说道：“此胁我降尔，何患！”
当得知爱妾陈圆圆被刘宗敏掠走后，终于咬牙切齿的道：“大丈夫不能保一女子，何面见人耶！”当下立刻反军攻克山海关，并复信吴襄，声称“父既不能为忠臣，儿亦安能为孝子乎？”
吴三桂自知自己的几万人马，不是大顺军的对手，于是向满清摄政王多尔衮请求援兵，信中写道“乞念亡国孤臣忠义之言，速选精兵，直入中胁、西胁，三桂自率所部，合兵以抵都门，灭流寇于宫廷，示大义于中国，则我朝之报北朝者，岂惟财帛？将裂土以酬，不敢食言。”
得到吴三桂的书信，多尔衮认为是打败大顺军，完成了太祖努尔哈赤的夙志，占领中原的大好时机，四月初八日，顺治亲自召见多尔衮，命多尔衮率军伐明，特授给奉命大将军印，掌管军中一切赏罚大事，并要诸王、贝勒、贝子、公、大臣等听从指挥，同心协力以图进取，初九日，多尔衮统率多罗豫郡王多铎、多罗武英郡王阿济格、恭顺王孔有德、怀顺王耿仲明、智顺王尚可喜、续顺公沈志祥等，以及八旗固山额真、梅勒章京等满洲、蒙古兵及汉军兵总计约十四万人，鸣炮起行讨伐明朝。
四月上旬，李自成听闻山海关吴三桂“造反”，他想让刘宗敏、李锦率军出征，但二将耽于京城内的淫乐享受摇头不应，李自成只得拖了几天，不得不决定“亲征”，这才让大顺军将士勉强答应出征，李自成下令在平则门处决了以大学士陈演为首的明朝大臣一百多人，并派兵把北京城内拷掠而来的银两整车整车运往“西京”。
四月十三日，李自成率领二十万大顺军发兵山海关，这二十万人马中，只有七、八万人算得上精兵，同行的还有吴三桂父亲吴襄以及崇祯皇帝两个儿子，这是李自成涌来对付吴三桂的杀手锏。
四月二十一日，李自成到达山海关前，整整走了六天，这样缓慢的行军速度贻误了战机李自成即派部将唐通带数百人前去招降吴三桂，行至距山海关十里处的一片石时，突然遭到吴三桂和当地豪绅地主武装的袭击，大顺军牺牲了百余名战士，李自成的招降吴三桂的计划彻底失败了。
李自成得到败军的报告大怒，率领大顺军到达山海关，随即对东罗、西罗、北翼等城发起猛攻，吴三桂督兵顽抗。大战自辰至午约六个时辰，守御东罗、北翼二城的吴军均濒临危殆难于支撑，当天晚上多尔衮率清军到达山海关，次日凌晨，吴三桂以炮轰击大顺军的包围圈，从隙道突围直驰清营，拜见多尔衮，剃发称臣。
狡猾而机敏的多尔衮不愿意与大顺军硬拼，于是命吴三桂打头阵，自己则蓄锐不发按兵不动，吴三桂倾精锐而出，大顺军英勇搏战，到了午后，大顺军将吴军紧紧包围起来，吴军东驰西突，苦战良久，已经不能支撑，正当双方精疲力竭时，作壁上观的清军从阵右冲出，由于清军猝然从阵中冲出，大顺军措手不及，忽然间狂风大作，大顺军将士睁不开眼，终于败下阵来。
李自成率骑兵数千急忙退至永平，各首领和散失的大顺军也乘夜回到了永平，二十四日，清军和吴三桂军追至永平，李自成的大顺军日夜战斗疲乏已极，根本无法再战，于是阻击了一阵之后，李自成就放弃了永平，于二十七日率军逃到了北京城。