最后四代火影成为新一代的领军级别的忍者波风水门，大蛇丸也就成为了根部的关于柱间细胞方面研究的首席顾问。

就这样子三代火影和大蛇丸尽可能地表明了彼此之间的决定，同时也能尽可能的保持彼此之间的关系，只不过这种关系最后还是破碎了，因为有人开始举报大蛇丸拿着村子里面的同伴进行人体实验。

这种风声来得不明不白的，就好像是当初白牙受到冷暴力并且被迫自杀的时候那样子的表现是一模一样的，三代第一时间就发现了不对，他也知道了大蛇丸和自己的另一个老朋友之间的合作恐怕已经破碎了。

不过当时的情况已经把三代火影逼到了风口浪尖上，他不得不派出暗部忍者去调查大蛇丸的实验室。

那时他的心里面无比的盼望这个消息是假的，他也无比的盼望自己能够找到志村团藏诬陷自己弟子的证据。

但是当三代火影来到了大蛇丸的实验室，最终大蛇丸亲口承认自己开始拿村子里面的人进行人体实验的时候，三代火影的整个心都凉了。

他知道自己虽然说想尽了一切办法让自己的弟子避免这样的错误，但是自己对于自己弟子的教导实在是太宽容一些。而且自己的那一个老朋友也确实是投其所好，让大蛇丸根本就没有办法拒绝。

从那一刻起三代火影虽然说十分的想要帮自己的弟子把这样的事情压下去让对方再继续呆在木叶，但是他从自己的两位老师的手中接过这个位置，绝对不是要做这样子的事情的，所以他哪怕是十分的心疼自己的弟子，也十分的舍不得自己的弟子就此成为一具尸体，或者说成为一个无家可归的叛忍，但是他依旧选择了向着自己的弟子大蛇丸开始进攻。

不过，哪怕是他心里面有着这样子的觉悟，但是他不可避免地面对着自己弟子的时候还是选择了留守。

在和大蛇丸交手的时候他很轻易地就击败了大蛇丸，毕竟作为能够把木叶从灭亡的风险之中带出来的火影，他或许是有些仁慈，也有些太过于慈悲了一些，但是他的实力和魄力绝对是不容小觑的存在，他很轻易地就击败了自己这个为之骄傲的弟子。

但是看着自己的弟子毫无反抗能力的站在自己的面前的时候，三代火影还是放了他的老错误，他心软了。

就这样在他的有意放水的情况下，大蛇丸成功地从木叶村离开了。

三代火影不知道大蛇丸为此有没有悔过，只不过三代火影一直为自己放走了大蛇丸这件事耿耿于怀。

而这一次当他听到了大蛇丸回来并且准备在中忍考试的时候动手的时候三代火影知道自己弥补过错的机会或许马上就要来了。

三代火影无疑是非常喜爱大蛇丸这个弟子的，但是他也不能够把木叶的安危持于以便而不顾。

所以他面对着御手洗红豆想要把这一次中忍考试取消的请求的时候二话不说拒绝了她，因为他知道这一次如果大蛇丸的目标是木叶的话，那么就绝对不会放过他这个曾经的老师。

三代火影知道自己或许没有办法把自己的弟子带回正途，但是他也不允许自己的弟子在这样子的歧路下继续走下去，他已经准备好了自己要用自己的生命去弥补自己的过错。