面对五巨头召唤的五神龙，游戏与海马共同战斗，游戏将自己的混沌战士和海马的青眼究极龙融合诞生了究极龙骑士，成功击败了五神龙。
乃亚篇
发生在决斗都市8强比赛后前往半决赛的地方的时候，突然从海底浮出了巨大的要塞阻止了众人的前行。作为海马濑人的养父海马刚三郎的亲生儿子乃亚，因为对海马逼死了他的父亲而怀恨在心，所以他将海马等人劫入要塞并由连接终端拖入一个虚幻的电脑世界里进行决斗，想要报一箭之仇。在那个世界里危机重重，之前被困在虚拟世界的海马集团五巨头也为乃亚效力，在各处埋伏，想要夺取他们的身体回到现实世界。海马在与乃亚的决斗中为了能够救弟弟海马圭平而放弃打败乃亚的机会被变成石像，暗游戏接替海马继续进行决斗。在决斗的过程中朋友们都被变成石像，但游戏仍然相信彼此的羁绊，最终打败了乃亚。其后海马也打败了潜藏于电脑世界的海马刚三郎，使大家脱离了危险。8
多玛篇
一万年前，亚特兰蒂斯得到了名为山铜的物质，创造了伟大的文明。但山铜的力量却让人们慢慢变得腐朽，最后成为怪物，国王达姿在亲手斩杀变成怪物的王后之后，自己也成为了山铜的代理人，将亚特兰蒂斯毁灭。
在决斗都市大赛获胜的武藤游戏带着3张神之卡在记忆石板前准备进行仪式，但石板却被黑暗力量冰封，其后神秘组织多玛的三剑客突然出现并抢去了神之卡。游戏等人面对无法破坏的山铜结界处境非常艰难。
多玛组织的目的是利用一万年前出现的山铜的力量，使用山铜结界夺取决斗败者的人的灵魂为祭品，从而使潜藏于地球深处的黑暗之神苏醒，实现最终目的清洗整个腐朽的世界。世界发生了异象，游戏也遭受到袭击。游戏在梦中受到决斗怪兽精灵黑魔术少女的引领，获得了传说之龙蒂迈欧的力量。
得到了帕加索斯邀请，游戏与伙伴踏上了美国的土地。在此期间城之内和海马相继获得了传说之龙的力量。帕加索斯将1张无名之卡叫给了游戏，提示会解开传说之龙真正面目。
暗游戏在与三剑客之一的拉斐尔的决斗中迷失了自我，发动了山铜结界，将蒂迈欧消灭，身怀黑暗的他最终被拉斐尔打败，在灵魂即将被封印之际，表游戏用千年积木打破结界，代替了暗游戏接受封印。愤怒的暗游戏踏上寻找伙伴的旅程。最终得到了达姿的父亲铁心和女儿克里斯的帮助，重新复活了传说之龙蒂迈欧。在多玛分部的楼顶中，暗游戏操纵两条传说之龙将拉斐尔打败。
游戏与海马赶赴最后决战之地，面对使用三重山铜结界的达姿，海马也倒下了。但游戏并没有放弃，最后在羁绊的力量下唤醒了3条传说之龙的真面目传说之骑士，将黑暗之神打败。
最终暗游戏心中的记忆容器将达姿的黑暗完全吞噬，达姿与父王和女儿重归亚特兰蒂斯，传说之骑士则完成任务回到决斗怪兽世界。9
杯决斗大赛篇
由于海马集团被盗取了卡片资料，声誉再次陷入低谷。为了挽回公司的声誉，也是为了实现海马濑人与弟弟海马圭平在童年时候的梦想，在美国新建成的海马乐园举办的杯决斗大赛。武藤游戏等人为了挽回海马集团的声誉与圭平的邀请外加回国机票也参加了此次比赛，而游戏则作为决斗王参加最后的冠军赛。此时，一个巨大的yin谋正在蠢蠢欲动，那就是海马集团的竞争对手修雷达公司意图通过破坏本次比赛并将海马集团一举打倒。海马最后打败了修雷达公司的董事长吉克，正当他以为一切已经解决了的时候，没想到吉克安排的最后王牌他的弟弟雷恩闯入了最后的冠军赛，并且在不知情的情况下启动了破坏海马公司的病毒。暗游戏再次发挥实力，完满解决了事件。10
游戏王
在第1集中，在公园里遇见游城十代，将羽翼栗子球送给了他。
在179集中，引导游城十代穿越时空与过去的自己决斗，为十代找回享受决斗的心。11
剧场版动画
光之金字塔
决斗都市大赛结束后，武藤游戏成为了首届的决斗王，并且得到传说中的3张神之卡，引起了无数决斗者的纷纷挑战。另一方面，不甘落败的海马濑人找上了决斗怪兽卡之父帕加索斯，逼问击败神之卡的方法
在地球另一边的埃及陵墓，随着古墓的开启，黑暗的力量再次回到地上，三千年前的宿命之战再次揭开序幕
游戏与海马再次进行决斗，海马诱导游戏召唤出三幻神。随后三幻神被海马的光之金字塔完全粉碎，海马还将青眼究极龙进化成青眼光龙，将游戏逼入绝境。
而在此时邪恶的敌人阿努比斯苏醒了，在光之金字塔的力量下接连召唤出强大的斯芬克斯怪兽。游戏利用了海马的卡，将墓地的被除外的三幻神再次复活，击败了阿努比斯。12
超融合！超越时空的羁绊
新童实野市面临毁灭的危机，为了探寻星尘龙被夺走的真相，红龙的力量让不动游星从遥远的未来穿越到过去13
精灵决斗者游城十代，遇到了操控强大怪兽的神秘敌人。屡次抵挡住攻击的十代，在敌人呼唤出白色的龙的瞬间感到不妙了
正在市中心广场等待活动开始的武藤游戏，突然遭到神秘怪兽的袭击，会场瞬间变成了废墟
与穿越时空而来的两位后辈决斗王游城十代与不动游星，三人共同对抗从各个时代收集强力怪兽、号称史上最强的敌人帕拉多克斯，为挽救世界进行了决斗。
游戏用奇妙的战术为游星夺回了星尘龙，并且破坏了罪矛盾龙。并肩作战的三人被帕拉多克斯的强大罪真实龙打得偏体鳞伤，但游戏在十代的配合下用栗子球抵挡住罪真实龙的致命攻击。
最终三人的羁绊战胜了帕拉多克斯，挽救了破灭的未来，三人在夕阳下道别。14
游戏王
和动画版设定不同的另一个世界线的故事天马动乱篇。帕加索斯的养子天马夜行被基斯霍华德欺骗，以为帕加索斯是被游戏所杀，决心对游戏实行复仇。他绑架真崎杏子，并意图利用帕加索斯的遗产三邪神之力让帕加索斯以杏子的身体为容器复活。为了救出杏子，游戏与城之内、本田一同进入被夜行占领的海马集团大楼，而夜行的雇佣兵十三位卡片专家正等候着游戏一行，游戏等人只有用决斗击败对方才能继续前进……