5/10，巴特利葛·萨拉针对“Freedom抢夺事件”以及情报泄漏的怀疑，肃清克莱茵派。并将拉克丝·克莱茵与西格尔·克莱茵二人以叛国罪发出通缉令。

5/11，阿斯兰在为转用为农地而予以破坏的Junius市5区的剧场“White Symphony”，与拉克丝见面。

5/15，大天使号脱离连合，在奥布入港。

5/17，阿斯兰受领“Justice”，降落地球。

5/25，ZAFT攻击巴拿马（“巴拿马攻略战”），使用了“Gleipnir”。另外，在此战斗中，连合初次将量产型MS“Strike Dagger”投入实战。因为此作战之故，ZAFT缩小非洲战线，从直布罗陀基地大量导入兵力。质量加速器“Porta Panama”被“Gleipnir”破坏。

5/29，在地球联合首脑会议内，军事产业连合理事摩路达·阿滋拉艾鲁唆使攻击奥布。欧亚连邦与东亚共和国虽然反对攻击奥布，但是被大西洋连邦强行通过。在该首脑会议中，亦决定发动“维多利亚夺回作战”。这次由欧亚连邦与东亚共和国作为主力。

6/1，地球联合，对保持中立的赤道联合、斯堪的那维亚共和国以及奥布联合首长国等国呼吁“非我即敌政策”地球连合利用媒体等，对大众做大规模的宣传作战。在台面下，则几近恐吓地要求各国政府加入联合。

6/13，大西洋连邦的第4洋上舰队南下，要求奥布解任阿斯哈代表、议会立刻解散并放弃武力。连合给予奥布48小时的考虑时间。

6/14，卡茨等11人从大天使号退舰。阿斯兰在马绍尔群岛，与摩卢基袄导师会面。

6/15，阿斯哈代表拒绝大西洋连邦的要求，大西洋连邦发动“奥布解放作战”。连合军的新型GAT－X系列，“Calamity”、“Forbidden”与“Raider”初次投入实战。奥布极秘密开发的MS“M1 Astray”亦初次投入实战。阿斯兰驾驶“Justice”介入奥布战争。基拉与阿斯兰，毫不掩饰地重逢。

6/16，阿斯哈代表怀着战败的觉悟，让大天使号与草薙逃脱进入宇宙，并且和“Mee”以及质量加速器“辉夜”、驭虑岛的地下军事设施共同自爆。由奥布下议院所选举出来的临时政府接受了大西洋联邦的投降劝告，受大西洋联邦所监护。

6/18，草薙与在轨道上的船体各部份进行大气圈外的接合，与大天使号共同向L4开始移动。以欧亚连邦为主力的连合军，侵略ZAFT占领下的维多利亚基地（第三次维多利亚攻防战）。因“Strike Dagger”的大量投入，以及阿拉斯加战役之后，ZAFT地上军弱化之故，战局朝向有利于联合的方向推移。数种“Strike Dagger”变种机体和新型试作机等投入实战，进行实战评价。

6/20，娜塔尔·芭基露露就任大天使号级二号舰——主天使号舰长。

6/25，维多利亚宇宙港陷落。自爆装置亦在启动的前一刻，被特殊部队突入所阻止。联合夺回维多利亚后，维多利亚成为连合的主力宇宙港。

6/26，PLANT 评议会在维多利亚陷落的同时，宣布加强宇宙战力。劳·卢·克尔泽被召回本国。

6/27，劳·卢·克尔泽带着芙蕾·阿尔斯塔从卡潘塔利亚基地出发。

6/28，摩路达·阿滋拉艾鲁从维多利亚上宇宙。

6/30，大天使号一行，到达L4的殖民卫星Mendel。

7/1，阿斯兰回到PLANT会见父亲。拉克丝·克莱茵与安特留·巴尔菲卢特一齐夺取新造舰“永恒号”。

7/3，“Calamity”、“Forbidden”与“Raider”配属于主天使号。摩路达·阿滋拉艾鲁以观察者的身分随同搭乘此船舰。

7/5，“永恒号”到达Mendel，与大天使号以及草薙合流。

7/7，克尔泽队，肩负追击“永恒号”的任务，到达L4。

7/12，主天使号，在Mendel与大天使号等发生战斗。在Mendel，基拉以及穆与克尔泽碰面，基拉在此知道出生的秘密。芙蕾·阿尔斯塔带着“ron Jammer celer ”的设计图，前往主天使号。克尔泽队的Nazca级战舰“Vesalius”被击沈，亚堤司舰长战死。其后，以拉克丝·克莱茵为中心的“永恒号”下的船舰，一边与奥布残党、PLANT的旧克莱茵派、连合的和平派等取得联络的同时，着手求取和平与早日终止战争。在摩卢基袄导师尽力下，“永恒号”一行获得回收业组织等的强大力量，得以转战各地。

7/16，连合首脑会议秘密决议，决定开发“ron Jammer celer ”搭载型核弹，且编组“Peace Maker”队。芙蕾·阿尔斯塔，顺利地脱离俘虏身份后，因为带回“重大且有益”的情报而晋升，依其自身之希望，配属于主天使号。

7/24，地球军侵略直布罗陀基地（第二次卡萨布兰加海面战）。ZAFT放弃直布罗陀基地，从欧洲撤退。

8/8，地球军发动以攻击卡潘塔利亚基地为最终目标的“八·八作战”，对大洋洲连合的攻击激烈化。第一批“Ayersrock降下作战”开始。地球军将自维多利亚送上去的MS部队降下，来自澳洲内陆的地上部队与太平洋舰队夹击大洋洲联合，以攻占澳洲东、北岸为目标。自此时起，从维多利亚宇宙港，MS、人员、物资陆续到达月球。开始流传将发生大作战。

9/11，地球联合军司令部发动以攻击PLANT本国为最终目标的“Elvis作战”，极秘密地从各方面集结战力。

9/23，“Boaz攻略战”。“Peace Maker”队进行核攻击，Boaz陷落。

9/26，“第二次Ja=due攻防战”，虽对PLANT本国进行核攻击，但是被前来介入的拉克丝·克莱茵等人阻止。ZAFT使用“GENESIS”，第一发击破连合40%以上的战力。

9/27，“GENESIS ”第二发。将兼具补给任务的连合第二批攻击部队及月面Ptolemaios基地一齐破坏。主天使号被击沉。娜塔尔·芭基露露与摩路达·阿滋拉艾鲁战死。穆·拉·佛拉达失踪（后被地球军救走并修改记忆，在第二季以“尼奥·罗阿诺克”的名义出现，于48集恢复记忆）。巴特利葛·萨拉为随从枪杀。“Ja=due”自爆，“GENESIS ”亦因为进入内部自爆的“Justice”而崩坏。被抵抗组织所救出的艾琳·卡纳巴等人，与旧克莱茵派议员共同向地球联合要求停战。

C.E. 722099年3月10日，地球联合与PLANT临时评议会在“尤尼乌斯7”的遗迹上空缔结了停战条约。条约规定禁止使用核引擎及中子干扰消除器，禁止海市蜃楼技术用于军事途径，还对MS的保有数进行了限制。

4月，ZAFT新世代MS“新千禧年系列”的第一期型“ZAKU”开始进行地上测试。同一年内非洲事件发生。